Kiemtheorie, in de geneeskunde, de theorie dat bepaalde ziekten worden veroorzaakt door de invasie van het lichaam door micro-organismen, organismen die te klein zijn om te worden gezien behalve door een microscoop . De Franse chemicus en microbioloog Louis Pasteur, de Engelse chirurg Joseph Lister en de Duitse arts Robert Koch krijgen veel lof voor de ontwikkeling en acceptatie van de theorie. In het midden van de 19e eeuw toonde Pasteur aan dat fermentatie en verrotting worden veroorzaakt door organismen in de lucht; in de jaren 1860 bracht Lister een revolutie teweeg in de chirurgische praktijk door carbolzuur (fenol) te gebruiken om atmosferische kiemen uit te sluiten en zo verrotting in samengestelde botbreuken te voorkomen; en in de jaren 1880 identificeerde Koch de organismen die tuberculose en cholera veroorzaken.
Hoewel de kiemtheorie lang als bewezen werd beschouwd, waren de volledige implicaties ervan voor de medische praktijk niet onmiddellijk duidelijk; met bloed bevlekte geklede jassen werden zelfs aan het einde van de jaren 1870 als geschikte operatiekleding beschouwd, en chirurgen opereerden pas in de jaren 1890 zonder maskers of hoofdbedekking.