Het fossiele bewijs
Afgezien van de oorspronkelijke ontdekking van de 1,8 miljoen jaar oude kaak, schedel en hand botten van een juveniel individu genaamd Olduvai Hominid 7 (OH 7), zijn extra fossielen uit Olduvai toegeschreven aan H. habilis. Stukken van een andere dunwandige schedel, samen met boven- en onderkaak en tanden, kwamen aan het licht in 1963. Slechts een maand later werd een derde schedel gevonden, maar de botten waren vertrappeld door vee nadat ze in een geul waren gewassen. Sommige tanden hebben het overleefd, maar de schedel was in vele kleine fragmenten gebroken; alleen de bovenkant van de hersenpan, of kluis, is weer in elkaar gezet. Die twee schedels heten OH 13 en OH 16.
Sinds 1964 is er meer materiaal ontdekt. Een intrigerend exemplaar is OH 24, die ook uit Olduvai kwam en gedateerd werd op ongeveer 1,8 mya. Deze schedel is completer dan andere uit Olduvai. Omdat sommige botten echter worden verpletterd en vervormd, zijn het gezicht en de hersenpan kromgetrokken. OH 24 kan qua hersengrootte en gebitskenmerken verschillen van Australopithecus, maar het lijkt wat betreft andere kenmerken op de australopiths van zuidelijk Afrika, zoals de vorm van het gezicht.
Belangrijke ontdekkingen gedaan in de Koobi Fora-regio in het noorden van Kenia zijn onder meer een controversiële schedel genaamd KNM-ER 1470 (Kenya National Museum-East Rudolf), die werd ontdekt in 1972 en gedateerd op 1.9 mya. Het exemplaar lijkt op zowel Australopithecus als Homo. Net als in het geval van OH 16 was dit exemplaar in vele fragmenten gebroken, die alleen konden worden verzameld na uitgebreid zeven van de afzettingen. Sommige stukken werden vervolgens in de reconstructie van een gezicht en een groot deel van een groot gewelf gepast. Het hersenvolume kan vrij nauwkeurig worden gemeten en is ongeveer 750 kubieke cm (cc) of 46 kubieke inch. Dit bewijs bracht sommige paleoantropologen ertoe om ER 1470 te beschrijven als een van de oudste onbetwiste vertegenwoordigers van het geslacht Homo, omdat sommige andere kenmerken van de hersenpan ook homo-achtig zijn. Tegelijkertijd is het duidelijk dat het gezichtsskelet relatief groot is en in de onderste delen afgeplat. In dit opzicht lijkt het Koobi Fora-exemplaar anatomisch op Australopithecus.
Onder andere sleutelvondsten uit de Koobi Fora-regio zijn KNM-ER 1813 en KNM-ER 1805. Beide werden ontdekt in 1973, met ER 1813 gedateerd op 1.9 mya en ER 1805 gedateerd op 1.7 mya . De eerste, die het grootste deel van een schedel is, is kleiner dan ER 1470 en lijkt in veel details op OH 13, waaronder de grootte van de tanden en de morfologie. De laatste schedel vertoont een aantal eigenaardige kenmerken. Hoewel de hersenpan van ER 1805 bijna 600 cc (36,6 kubieke inch) in volume heeft en dus matig groter wordt dan de grootte die verwacht wordt in Australopithecus, loopt een benige kam langs de bovenkant van de schedel. Deze sagittale kam is gekoppeld aan een andere prominente kam die over de achterkant van de schedel is gericht. Deze ribbels geven aan dat de kauwspieren en nekspieren krachtig ontwikkeld waren. Een soortgelijk, zij het meer overdreven patroon van kammen komt voor in de zogenaamde robuuste australopiths maar niet in Homo. Andere kenmerken van ER 1805 zijn echter homo-achtig. Als gevolg hiervan is er onenigheid geweest tussen anatomen over de soort mensachtigen waaraan deze persoon zou moeten worden toegewezen. Ondanks zijn afwijkingen wordt ER 1805 vaak besproken samen met andere exemplaren die zijn gegroepeerd als H. habilis.
Verschillende onderkaken die lijken op die van OH 7 zijn teruggevonden in het Koobi Fora-gebied, en tanden die erbij horen aan H. habilis zijn verder naar het noorden gevonden, in de Omo-riviervallei van Ethiopië. Wat aanvullend materiaal, waaronder een zwaar gebroken schedel, is bekend uit de grot bij Swartkrans in Zuid-Afrika. Bij Swartkrans worden de fossielen vermengd met vele andere botten van robuuste australopiths. Een vroege soort Homo kan ook voorkomen in Sterkfontein, niet ver van Swartkrans. Ook hier zijn de overblijfselen fragmentarisch en niet bijzonder informatief.
Een waardevollere ontdekking werd gerapporteerd vanuit Olduvaikloof in 1986. Een kaak met tanden en schedelfragmenten en stukken van een rechterarm en beide benen werden gevonden. De botten lijken één persoon te vertegenwoordigen, gedateerd op 1,8 mya en OH 62 genoemd. Hoewel de schedel verbrijzeld is, is er genoeg van het gezicht bewaard gebleven om overeenkomsten met de vroege Homo te suggereren. De vondst is vooral belangrijk vanwege de ledematen, waaruit blijkt dat OH 62 een heel kleine mensachtige was. De arm is lang in verhouding tot het been, wat resulteert in lichaamsverhoudingen die dramatisch verschillen van die van modernere mensachtigen.
Een van de belangrijkere ontdekkingen van de 21e eeuw omvatte een onderkaak gevonden bij de Ledi-Geraru onderzoekslocatie in de Awash River-vallei in Ethiopië in 2013, wat het oudst bekende exemplaar zou kunnen zijn dat wordt toegeschreven aan H. habilis. Gedateerd op 2,8–2,75 mya, bezit het enkele van de primitieve eigenschappen die voorkomen in Australopithecus, terwijl het ook afgeleide kenmerken bevat (zoals kleinere tanden en een sterk gereduceerde kin) die geassocieerd worden met latere soorten van Homo. Het exemplaar is nuttig gebleken voor het overbruggen van de bijna een miljoen jaar durende kloof in de datering tussen fossielen geassocieerd met A. afarensis en fossielen geassocieerd met Homo. Veel paleontologen – waaronder de ontdekker, de Amerikaanse paleontoloog Brian Villmoare – aarzelen echter om het ondubbelzinnig te associëren met H. habilis totdat er meer overblijfselen zijn gevonden.