Na de val van de Girondins moesten de Montagnards het hoofd bieden aan de wanhopige positie. Van binnenuit bedreigd door de beweging voor federalisme en door de burgeroorlog in de Vendée in het noordwesten en aan de grenzen bedreigd door de anti-Franse coalitie, mobiliseerde de revolutie haar middelen voor de overwinning. In zijn dagboek merkte Robespierre op dat wat nodig was “une volonté une” (“één enkele wil”) was, en deze dictatoriale macht moest de revolutionaire regering kenmerken. De essentiële orgels waren gemaakt, en hij zette zich in om ze te laten werken.
Op 27 juli 1793 nam Robespierre zijn plaats in in de Commissie voor Openbare Veiligheid, die voor het eerst was opgericht in april. Terwijl sommige van zijn collegas op zending waren en anderen in beslag werden genomen door speciale opdrachten, trachtte hij verdeeldheid onder de revolutionairen te voorkomen door te vertrouwen op de Jacobijnse samenlevingen en de waakzaamheidscomités. Zijn daden moesten voortaan onafscheidelijk zijn van die van de regering als geheel. Als voorzitter van de Jacobijnenclub en vervolgens van de Nationale Conventie hekelde hij de plannen van de Parijse radicalen die bekend staan als de Enragés, die het voedseltekort gebruikten om de Parijse secties op te hitsen. Robespierre antwoordde de demonstranten op 5 september door maximumprijzen te beloven voor alle voedingsmiddelen en een revolutionaire militie voor gebruik in het binnenland tegen contrarevolutionairen en graan hamsteraars.
Om een massale dienstplicht, economische dictatuur en totale oorlog, vroeg hij om het schrikbewind te intensiveren. Maar hij maakte bezwaar tegen zinloze executies en beschermde de afgevaardigden die hadden geprotesteerd tegen de arrestatie van de Girondins en van de zuster van de koning. Hij was misselijk van de bloedbaden die werden goedgekeurd door de vertegenwoordigers en de missie (leden van de Nationale Conventie die waren gestuurd om de oppositie in de provincies te breken) en eiste hun terugroepactie wegens het onteren van de revolutie.
Robespierre wijdde zijn rapport over 5 Nivôse, jaar II (25 december 1793), om de collectieve dictatuur van de Nationale Conventie, de administratieve centralisatie en de zuivering van lokale autoriteiten te rechtvaardigen. Hij protesteerde tegen de verschillende facties die de regering bedreigden. De Hébertisten, de Cordeliers en de populaire militanten riepen allemaal op tot radicalere maatregelen en moedigden de ontkerstening en de vervolging van voedselverzamelaars aan. Hun excessen maakten de boeren bang, die niet tevreden konden zijn met de decreten van 8 en 13 Ventôse, jaar II (26 februari en maart 3, 1794), die voorzag in de verdeling van de eigendommen van verdachten onder de armen.
Na een maand ziekte weer opduiken in de Jacobijnenclub, hekelde Robespierre de r adicaal revolutionair Jacques-René Hébert en zijn aanhangers, die samen met enkele buitenlandse agenten in maart werden geëxecuteerd. Degenen die, zoals Georges Danton, het schrikbewind en de oorlog wilden stoppen, vielen het beleid van het Comité voor Openbare Veiligheid met toenemend geweld aan. Robespierre, hoewel nog steeds aarzelend, leidde de Nationale Conventie tegen deze zogenaamde aflaten. De leiders van de Dantonisten en de afgevaardigden die werden gecompromitteerd bij de liquidatie van de Franse Oost-Indische Compagnie werden onthoofd op 16 Germinal (5 april).
Een deïst in de stijl van Jean-Jacques Rousseau Keurde Robespierre de antichristelijke beweging en de maskerades van de cultus van de rede af. In een rapport aan de Nationale Conventie in mei bevestigde hij het bestaan van God en de onsterfelijkheid van de ziel en streefde hij ernaar de revolutionairen te verenigen rond een burgerreligie en de cultus van het opperwezen. Dat hij buitengewoon populair bleef, blijkt uit de openbare ovaties die hij ontving na de mislukte aanslag van Henri Admirat op zijn leven op 3 Prairial (22 mei). De Nationale Conventie verkoos hem tot president, op 16 Prairial ( 4 juni), met 216 stemmen van de 220. In deze hoedanigheid leidde hij het festival van het Opperwezen (“Etre suprême”) in de Jardin des Tuileries op 20 Prairial (8 juni), dat zijn vijanden zou voorzien van een andere wapen tegen hem.