Activisme en huisarrest
In juli 1989 gaf de militaire regering van de nieuw benoemde Unie van Myanmar (sinds 2011, Republiek van de Unie van Myanmar) plaatste Suu Kyi onder huisarrest in Yangon (Rangoon) en hield haar incommunicado vast. Het leger bood aan haar vrij te laten als ze ermee instemde Myanmar te verlaten, maar ze weigerde dat te doen totdat het land was teruggegeven aan de burgerregering en politieke gevangenen waren vrijgelaten. De Nationale Liga voor Democratie (NLD), die Suu Kyi in 1988 mede had opgericht, won meer dan 80 procent van de parlementaire zetels die in 1990 werden betwist, maar de resultaten van die verkiezingen werden genegeerd door de militaire regering (in 2010 de militaire regering de resultaten van de verkiezingen van 1990 formeel nietig verklaard). Het nieuws dat Suu Kyi de Nobelprijs ontving, veroorzaakte een intense belastering van haar door de regering, en aangezien ze nog steeds vastzat, nam haar zoon, Alexander Aris, de onderscheiding in haar plaats in ontvangst.
Suu Kyi werd in juli 1995 vrijgelaten van huisarrest, hoewel er beperkingen waren gesteld aan haar mogelijkheden om buiten Yangon te reizen. Het jaar daarop woonde ze het NLD-partijcongres bij, maar de militaire regering bleef haar en haar partij lastigvallen. In 1998 kondigde ze de vorming aan van een representatieve commissie die volgens haar het legitieme regerende parlement van het land was. Michael Aris stierf begin 1999 in Londen. Voorafgaand aan zijn dood weigerde de militaire junta hem een visum om Suu Kyi in Myanmar te bezoeken, en Suu Kyi, in de verwachting dat ze het land niet opnieuw zou mogen binnenkomen als ze zou vertrekken, bleef in Myanmar .
De junta plaatste Suu Kyi opnieuw onder huisarrest van september 2000 tot mei 2002, zogenaamd wegens het overtreden van beperkingen door te proberen buiten Yangon te reizen. Na botsingen tussen de NLD en pro-regeringsdemonstranten in 2003, gaf de regering haar huisarrest. De roep om haar vrijlating werd in de hele internationale gemeenschap voortgezet ondanks de jaarlijkse verlenging van haar straf, en in 2009 verklaarde een orgaan van de Verenigde Naties haar detentie volgens de eigen wet van Myanmar illegaal. In 2008 werden de voorwaarden van haar huisarrest ietwat versoepeld, waardoor ze enkele tijdschriften en brieven kon ontvangen van haar kinderen, die beiden in het buitenland woonden.
In mei 2009, kort voordat haar laatste straf werd veroordeeld. Om af te ronden, werd Suu Kyi gearresteerd en beschuldigd van het overtreden van de voorwaarden van haar huisarrest nadat een indringer (een Amerikaans staatsburger) haar huis binnenkwam en daar twee nachten had doorgebracht. In augustus werd ze schuldig bevonden en veroordeeld tot drie jaar gevangenisstraf, hoewel de straf onmiddellijk werd teruggebracht tot 18 maanden, en ze mocht het uitzitten terwijl ze onder huisarrest bleef. Ten tijde van haar veroordeling was de overtuiging zowel binnen als buiten Myanmar wijdverbreid dat deze laatste uitspraak bedoeld was om te voorkomen dat Suu Kyi zou deelnemen aan meerpartijenverkiezingen (de eerste sinds 1990) die gepland waren voor 2010.
Dat verdenking werd werkelijkheid door een reeks nieuwe verkiezingswetten die in maart 2010 van kracht werden: de ene verbood personen elke deelname aan verkiezingen als ze waren veroordeeld voor een misdrijf (zoals ze in 2009 was geweest), en een andere diskwalificeerde iedereen die was (of was geweest) ) gehuwd zijn met een buitenlandse staatsburger van kandidaatstelling. Ter ondersteuning van Suu Kyi weigerde de NLD zich opnieuw te registreren onder die nieuwe wetten (zoals vereist was) en werd ontbonden. De regeringspartijen kregen weinig tegenstand tijdens de verkiezingen van 7 november 2010 en wonnen gemakkelijk een overweldigende meerderheid van wetgevende zetels te midden van wijdverbreide beschuldigingen van kiezersfraude. Suu Kyi werd zes dagen na de verkiezingen vrijgelaten uit huisarrest en beloofde haar verzet tegen het militaire bewind voort te zetten.