Katedralens tilsynelatende anarki av former skjuler en forståelig plan med ni hovedkapeller. Det høye telttakede tårnet i sentrum huser navnekirken for Guds forbønn. De fire største kuplene øverst på de fire åttekantede tårnkapellene: Church of Sts Cyprian & Justina, Church of the Holy Trinity, Church of the Icon of St. Nicholas the Miracle Worker, and the Church av Herrens inngang til Jerusalem. Til slutt er det fire mindre kapeller i mellom. Hvert kapell ble innviet til ære for en begivenhet eller kamp i kampen mot Kazan.
Legenden forteller at Ivan hadde arkitektene blindet slik at de aldri kunne bygge noe sammenlignbart. Dette er imidlertid en myte, ettersom opptegnelser viser at de ble ansatt et kvart århundre senere (og fire år etter Ivans død) for å legge til et ekstra kapell i strukturen.
Church of St. Vasily the Velsignet, det nordøstlige kapellet i 1. etasje, inneholder kalesjen dekket av kalesjen til sin navnebror, en av de mest ærverdige i Moskva. Vasily (Basil) den salige var kjent som en «hellig tosk», noen ganger gikk han naken og ydmyket seg målrettet til større ære for Gud. Han ble antatt å være en seer og mirakelmaker, og til og med Ivan the Terrible æret og fryktet ham. Dette 10. kapellet – det eneste på bakkenivå – ble lagt til i 1588, etter helgenens død. Se etter ikonet som viser St. Vasily selv, med Røde plass og Kreml i bakgrunnen.