Invitasjon til panafrikansk konferanse i Westminster Town Hall, London, juli 1900
Som en filosofi representerer panafrikanisme aggregeringen av de historiske, kulturelle, åndelige, kunstneriske, vitenskapelige og filosofiske arven til afrikanere fra tidligere tider til i dag. Panafrikanisme som et etisk system sporer sin opprinnelse fra eldgamle tider, og fremmer verdier som er et produkt av de afrikanske sivilisasjonene og kampene mot slaveri, rasisme, kolonialisme og nykolonialisme.
Sammenfaller med mange Nye verdens slaveopprør; fremhevet av den haitiske revolusjonen, fødte slutten av 1800-tallet en interkontinental pro-afrikansk politisk bevegelse som forsøkte å forene forskjellige kampanjer i målet om å avslutte undertrykkelse. En annen viktig politisk form for et religiøst panafrikanistisk verdensbilde dukket opp i form av etiopianisme. I London var Sons of Africa en politisk gruppe adressert av Quobna Ottobah Cugoano i 1791-utgaven av boken Tanker og følelser om slaveriets ondskap. Gruppen adresserte møter og organiserte brevskrivingskampanjer, publiserte valgmateriell og besøkte parlamentet. De skrev til figurer som Granville Sharp, William Pitt og andre medlemmer av den hvite avskaffelsesbevegelsen, samt kong George III og prinsen av Wales, den fremtidige George IV.
Den moderne panafrikanismen begynte rundt begynnelsen av det 20. århundre. African Association, senere omdøpt til Pan-African Association, ble opprettet rundt 1897 av Henry Sylvester Williams, som organiserte den første panafrikanske konferansen i London i 1900.
Med Ghana uavhengighet i mars 1957, Kwame Nkrumah ble valgt som den første statsministeren og presidenten for staten. Nkrumah dukket opp som en viktig talsmann for det uavhengige Afrikas enhet. Den ghanesiske presidenten legemliggjorde en politisk aktivistisk tilnærming til panafrikanisme da han forkjempet for «søken etter regional integrasjon av hele det afrikanske kontinentet». Denne perioden representerte en «gullalder med høye pan-afrikanske ambisjoner»; kontinentet hadde opplevd revolusjon og avkolonisering fra vestlige makter og fortellingen om gjenfødelse og solidaritet hadde fått fart i den panafrikanske bevegelsen. Nkrumahs panafrikanske prinsipper ment for en union mellom de uavhengige afrikanske statene etter en anerkjennelse av deres fellestrekk (dvs. undertrykkelse under imperialisme). Panafrikanisme under Nkrumah utviklet seg forbi antagelsene om en rasemessig eksklusiv bevegelse knyttet til det svarte Afrika, og vedtok en politisk diskurs om regional enhet
I april 1958 var Nkrumah vertskap for den første all-afrikanske folks konferanse (AAPC ) i Accra, Ghana. Denne konferansen inviterte delegater fra politiske bevegelser og store politiske ledere. Med unntak av Sør-Afrika deltok alle uavhengige stater på kontinentet: Egypt, Etiopia, Ghana, Liberia, Libya, Marokko, Tunisia og Sudan. Dette Konferansen markerte en monumental begivenhet i den pan-afrikanske bevegelsen, da den avslørte en politisk og sosial union mellom de som ble ansett som arabiske stater og de svarte afrikanske regionene. Videre gikk konferansen inn for en felles afrikansk nasjonalistisk identitet, blant statene, om enhet og anti -Imperialisme. Frantz Fanon, journalist, frihetskjemper og medlem av det algeriske FLN-partiet deltok på konferansen som delegat for Algerie. Tatt i betraktning den væpnede kampen til FLN mot den franske kolonistyret ble deltakerne på konferansen enige om å støtte kampen til de statene under kolonial undertrykkelse. Dette oppmuntret til engasjementet for direkte involvering i «kontinentets frigjøring; dermed ble en kamp mot kolonitrykket på Sør-Afrika erklært og den fulle støtten til FLN-kampen i Algerie, mot det franske kolonistyret». Tom Mboya, kenyansk fagforeningsmann og antikolonial aktivist, deltok også på denne konferansen. Dette besøket inspirerte ham til å øke tempoet i den politiske aktiviteten som hadde som mål å agitere for Kenias uavhengighet. I årene etter 1958 markerte Accra-konferansen også etableringen av en ny utenrikspolitikk mellom USA og Sovjetunionen og vilje til å etablere en «afrikansk identitet» i globale anliggender ved å gå inn for en enhet mellom de afrikanske statene om internasjonale forhold. «Dette vil være basert på Bandung-erklæringen, FNs pakt og på lojalitet til FNs avgjørelser.»
I 1959 møttes Nkrumah, president Sékou Touré i Guinea og president William Tubman fra Liberia i Sanniquellie og undertegnet Sanniquellie-erklæringen som skisserte prinsippene for å oppnå enhet i uavhengige afrikanske stater samtidig som de opprettholdt en nasjonal identitet og autonom konstitusjonell struktur. Erklæringen etterlyste en revidert forståelse av panafrikanisme og forening av de uavhengige statene.
I 1960 ble den andre konferansen om alle afrikanske folk «holdt i Addis Abeba, Etiopia. Medlemskapet i de all-afrikanske folkene» Organisasjonen (AAPO) hadde økt med inkluderingen av den «algeriske provisoriske regjeringen (ettersom de ennå ikke hadde vunnet uavhengighet), Cameroun, Guinea, Nigeria, Somalia og De forente arabiske republikk «. Konferansen fremhevet divergerende ideologier i bevegelsen, da Nkrumahs oppfordring til en politisk og økonomisk union mellom de uavhengige afrikanske statene fikk liten enighet. Uenighetene etter 1960 ga opphav til to rivaliserende fraksjoner innen den pan-afrikanske bevegelsen: Casablanca-blokken og Brazzaville-blokken.
I 1962 fikk Algerie uavhengighet fra det franske kolonistyret, og Ahmed Ben Bella overtok presidentskapet. Ben Bella var en sterk talsmann for panafrikanisme og en afrikansk enhet. Etter FLNs væpnede kamp for frigjøring, talte Ben Bella i FN og gikk inn for det uavhengige Afrikas rolle i å yte militær og økonomisk støtte til de afrikanske frigjøringsbevegelsene som var imot apartheid og bekjempet portugisisk kolonialisme. På jakt etter en samlet stemme, i 1963, på en afrikansk toppmøte i Addis Abeba, Etiopia, møttes 32 afrikanske stater og etablerte Organisasjonen for afrikansk enhet (OAU). Opprettelsen av OAU-charteret fant sted på dette toppmøtet og definerer en koordinert «innsats for å heve levestandarden til medlemslandene og forsvare deres suverenitet» ved å støtte frihetskrigere og avkolonisering. Dermed var dannelsen av den afrikanske frigjøringskomiteen (ALC) under toppmøtet i 1963. Algerias president Ben Bella var mestrer støtten til frigjøringsbevegelser, og «donerte umiddelbart 100 millioner franc til økonomien og var et av de første landene i organisasjonen som boikottet portugisiske og sørafrikanske varer».
I 1969 arrangerte Alger den panafrikanske kulturfestivalen 21. juli, og den fortsatte i åtte dager. På dette øyeblikket i historien stod Algerie som et «fyrtårn for afrikansk og tredje verdens militanse,» og ville komme for å inspirere kamper mot kolonialismen rundt om i verden. Festivalen tiltrukket tusenvis fra afrikanske stater og den afrikanske diasporaen, inkludert Black Panthers. Den representerte anvendelsen av prinsippene for den algeriske revolusjonen til resten av Afrika, og symboliserte omformingen av definisjonen av panafrikansk identitet under den vanlige opplevelsen av kolonialisme. Festivalen styrket ytterligere Algerias president, Boumedienes status i Afrika og den tredje Verden.
Etter at Kwame Nkrumah døde i 1972, antok Muammar Gaddafi mantelen til leder for den pan-afrikanske bevegelsen og ble den mest uttalt talsmann for afrikansk enhet, som Nkrumah før ham – for adventen av et «Amerikas forente stater».
I USA er begrepet nært knyttet til afrocentrism, en ideologi om afroamerikansk identitetspolitikk som dukket opp i løpet av borgerrettighetsbevegelse fra 1960 til 1970.