For å feire matematikk i det nye årtusenet, etablerte The Clay Mathematics Institute of Cambridge, Massachusetts (CMI) syv prisproblemer. Premiene ble unnfanget for å registrere noen av de vanskeligste problemene som matematikere kjempet med ved begynnelsen av det andre årtusenet; å heve i bevisstheten til allmennheten det faktum at i matematikk er grensen fremdeles åpen og bugner av viktige uløste problemer; å understreke viktigheten av å jobbe mot en løsning av de dypeste, vanskeligste problemene; og å anerkjenne prestasjoner i matematikk av historisk størrelse.
Premiene ble kunngjort på et møte i Paris, som ble holdt 24. mai 2000 i Collège de France. Tre forelesninger ble presentert: Timothy Gowers snakket om viktigheten av matematikk; Michael Atiyah og John Tate snakket om problemene selv.
De syv Millennium-prisproblemene ble valgt av den grunnleggende Scientific Advisory Board of CMI, som konfererte med ledende eksperter over hele verden. Styrets fokus var på viktige klassiske spørsmål som har motstått løsningen i mange år.
Etter avgjørelsen fra Scientific Advisory Board utpekte styret i CMI et premiefond på 7 millioner dollar for løsningene til disse problemene, med $ 1 million tildelt løsningen på hvert problem.
Det er bemerkelsesverdig at et av de syv årtusenproblemene, Riemann-hypotesen, formulert i 1859, også vises i listen over tjuefem tre problemer diskutert i talen av David Hilbert i Paris 9. august 1900.
Reglene for tildeling av prisen har tilslutning fra CMI Scientific Advisory Board og godkjennelse av direktørene. Medlemmene i disse styrene har ansvaret for å bevare naturen, integriteten og ånden til denne prisen.