Da mikroskopet først ble oppfunnet, var det en nyhet. Tidlige eksempler ble kalt loppe- eller fluebriller, siden de forstørret de små insektene til det som virket veldig stort på den tiden. Men forskere tok ikke lett tak i den nye teknologien.
Biolog Clara Sue Ball undersøker hvorfor «den tidlige historien til det sammensatte mikroskopet avslører en nysgjerrig mangel på interesse blant forskere for mulighetene til det nye instrumentet.»
De første sammensatte mikroskopene dateres til 1590. Disse enhetene bruker mer enn en linse, et trinn over de fleste forstørrelseslinser eller briller. Den faktiske oppfinneren bestrides fordi det var flere mennesker på jobb med dem, men far og sønnelaget Hans og Zacharias Jensen blir vanligvis kreditert.
Ordet «mikroskop» dukket først opp på trykk i 1625. Og likevel, som Ball skriver, ble det ikke gjort «virkelig vitenskapelig bruk av mikroskopet» før i 1661 , da Marcello Malpighi oppdaget kapillærer i en tørket lunge av en frosk. Hans arbeid ville ha vært umulig uten et mikroskop. Robert Hookes berømte bok Micrographia fra 1665, med sine overdådige illustrasjoner av små ting, bekreftet viktigheten av den nye teknologien for observasjon.
Det var nederlenderen Antony Van Leeuwenhoek som brukte mikroskopet til å gjøre oppdagelser, ikke bare større bilder av ting. Håndverkeren vendte seg til å lage sine egne linser, som hadde opptil 300X forstørrelse, et stort hopp i kraft fra de fleste tidligere enheter, hvorav de beste var i 20-30 x livsstørrelsesområde. Nysgjerrigheten hans var også stor. Han er kreditert for å oppdage blant annet bakterier, protister, nematoder og spermatozoer. Han undersøkte og tegnet «animalcules» (fra latin for «små dyr») av sin egen sæd etter sex. (Fru van Leeuwenhoeks oppfatning om at berømt begivenhet ikke ser ut til å ha blitt rapportert.)
Om plakk på tennene hans bemerket van Leeuwenhoek at bakteriene var «veldig pent i bevegelse» i spytten, en type som går «som en gjedde gjennom vannet.»
Så noen sytti år skilte oppfinnelsen av mikroskopet og «ethvert systematisk arbeid med stor og varig vitenskapelig verdi.» Ball tilskriver dette primitiviteten til de tidlige mikroskopene, som var veldig vanskelige å bruke. Kanskje enda viktigere, hun argumenterer for at de biologiske vitenskapene i utvikling, spesielt botanikk og anatomi – som senere ville ha så stor nytte av forstørrelse – ikke var avanserte nok til å realisere «betydningen av observasjonene som ble gjort.»
Hadde folk vært klare, ville teknologien blitt presset hardere? Det er bemerkelsesverdig at van Leeuwenhoek var helt ukjent: han hadde ingen opplæring i naturfilosofi / naturhistorie, som vitenskapene da ble kalt. «Faren til mikrobiologi» var fullstendig selvlært. I sammenheng med en rik nederlandsk tradisjon for glassfremstilling perfeksjonerte han sine egne linser, malte og polerte dem selv. Mikroskopene hans var ikke engang den sammensatte typen som ble brukt av andre, de var enhedsobjektiv, i utgangspunktet ekstraordinære forstørrelsesbriller. Han ga aldri ut en bok. Opptegnelsen om hans arbeid er i hans korrespondanse med Royal Society.
Sammensatte mikroskop overgikk til slutt van Leeuwenhoeks enheter. Og i 1850-årene, de var begge standard vitenskapelig utstyr i laboratorier og et pedagogisk underholdningsberedskap i middelklasseviktorianske hjem, der dyrekulene fikk et eget liv.