I vid forstand refererer begrepet «genotype» til den genetiske sammensetningen av en organisme, med andre ord beskriver den en organisms komplette sett med gener. Begrepet kan brukes til å referere til alleler, eller variantformer av et gen, som bæres av en organisme. Mennesker er diploide organismer, som betyr at de har to alleler ved hver genetiske posisjon, eller locus, med oneallele arvet fra Hvert par alleler representerer genotypen til et spesifikt gen. For eksempel i søte erteplanter har genet for blomst to alleler. En allel koder for lilla blomster og er representert med bokstaven F, mens den andre koder for hvitt blomster og er representert med små bokstaver f. En variert populasjon av søte erteplanter kan derfor ha tre mulige genotyper på dette stedet: FF, Ff eller ff. Hver plante genotype bidrar til fenotypen, som i dette tilfellet er den ytre utseendet til det blomster. En bestemt genotype er beskrevet asomozygot hvis den har to identiske alleler og som heterozygot hvis de toallelene er forskjellige. Prosessen med å bestemme en genotype kalles genotyping.