Etter Girondins fall ble Montagnards overlatt til å takle landets desperate stilling. Truet innenfra av bevegelsen for føderalisme og av borgerkrigen i Vendée i nordvest og truet ved grensene av den anti-franske koalisjonen, mobiliserte revolusjonen sine ressurser for seier. I sin dagbok bemerket Robespierre at det som var nødvendig var «une volonté une» («en enkelt vilje»), og denne diktatoriske makten skulle karakterisere den revolusjonære regjeringen. Dens essensielle organer var opprettet, og han satte seg til å få dem til å fungere.
Fra La Guillotine en 1793, av Hector Fleischmann, 1908
27. juli 1793 inntok Robespierre sin plass i komiteen for offentlig sikkerhet, som først var opprettet i april. Mens noen av kollegene hans var borte på oppdrag og andre var opptatt av spesielle oppdrag, forsøkte han å forhindre splittelse blant revolusjonærene ved å stole på de jakobinske samfunn og årvåkenhetskomiteene. Fremover skulle hans handlinger være uadskillelige fra regjeringen som helhet. Som president for Jacobin-klubben og deretter for den nasjonale konvensjonen, fordømte han ordningene til de parisiske radikalene kjent som Enragés, som brukte matmangel for å vekke Paris-seksjonene. Robespierre svarte demonstrantene 5. september ved å love maksimumspriser for alle matvarer og en revolusjonær milits for bruk i det indre mot kontrarevolusjonære og kornoppsamlere.
For å få til en masseplikt, økonomisk diktatur og total krig, ba han om å intensivere terrorperioden. Men han protesterte mot meningsløse henrettelser og beskyttet de varamedlemmer som hadde protestert mot arrestasjonen av Girondinene og kongens søster. Han ble syk av massakrene som ble godkjent av representantene og misjonen (medlemmer av den nasjonale konvensjonen sendt for å bryte opposisjonen i provinsene) og krevde tilbakekalling for å «vanære revolusjonen.»
Robespierre viet sin rapport om 5 Nivôse, år II (25. desember 1793), for å rettferdiggjøre det kollektive diktaturet til den nasjonale konvensjonen, administrativ sentralisering og utrensing av lokale myndigheter. Han protesterte mot de forskjellige fraksjonene som truet regjeringen. Hébertister, Cordeliers og de populære militantene etterlyste alle mer radikale tiltak og oppmuntret til avkristning og forfølgelse av matoppsamlere. Deres overdrivelser skremte bøndene, som ikke kunne ha vært fornøyd med dekreter 8. og 13. Ventôse år II (26. februar og mars 3, 1794), som sørget for fordeling blant de fattige av mistenkte.
Han kom igjen til Jacobin-klubben etter en måneds sykdom, og fordømte Robespierre r adical revolusjonist Jacques-René Hébert og hans tilhengere, som sammen med noen utenlandske agenter ble henrettet i mars. De som ønsket, i likhet med Georges Danton, å stoppe terrorperioden og krigen angrep politikken til komiteen for offentlig sikkerhet med økende vold. Selv om Robespierre fortsatt var nølende, ledet den nasjonale konvensjonen mot disse såkalte overbærenhetene. Dantonistledere og varamedlemmer som ble kompromittert i avviklingen av det franske østindiske kompaniet ble guillotinert den 16. Germinal (5. april).
JE Bulloz
En deist i stil med Jean-Jacques Rousseau Robespierre avviste den antikristne bevegelsen og «maskeradene» av fornuftskulten. I en rapport til nasjonalkonvensjonen i mai bekreftet han eksistensen av Gud og sjelens udødelighet og strebet for å samle revolusjonærene rundt en samfunnsreligion og kulten av det høyeste vesen. At han forble ekstremt populær, vises av de offentlige applausene han mottok etter Henri Admirats mislykkede forsøk på sitt liv den 3. Prairial (22. mai). Landskonvensjonen valgte ham til president, den 16. Prairial ( 4. juni), ved en stemme på 216 av 220. I denne egenskapen ledet han høytidens festival («Etre suprême») i Tuileries Gardens den 20. Prairial (8. juni), som skulle gi hans fiender en annen våpen mot ham.