15. april, seks uker etter at Andrew Johnson ble sverget inn som visepresident i USA, ble Abraham Lincoln myrdet. Hadde attentatmannen gått som planlagt, ville også Johnson, Ulysses S. Grant og utenriksminister William Seward ha blitt drept. Som det viste seg, mistet medkonspirator George Atzerodt, som hadde forfulgt visepresidenten, nerven sin i siste øyeblikk.
Noen timer etter Lincolns død sverget justisdommer Salmon P. Chase Johnson inn som USAs president. Republikanerne var lettet over at Johnson ikke hadde blitt drept og kunne gi kontinuitet; de trodde at han ville være kitt i deres hender og ville følge diktatene til republikanske kongressledere. De tok feil. Og den resulterende konflikten mellom president og Kongressen førte til den første presidentskyldningen i amerikansk historie.
I Johnsons sinn, spørsmålet om hva du skal gjøre med de beseirede sørstatene var enkle: pålegge vilkår når de kom tilbake til full status, for eksempel den ugjenkallelige avskaffelsen av slaveri, men ikke pålegge svart stemmerett som en betingelse for gjenopptakelse.
Mange radikale republikanere hadde antatt at Johnson delte deres brede og ekspansive konsept med føderal makt og deres forpliktelse til politisk likestilling for svarte. Men med unntak av retten til å løsrive seg, hadde Johnson alltid trodd på staters rettigheter. Han fulgte Lincolns tidligere begrunnelse om at mens individuelle «forrædere» skulle straffes, hadde statene aldri lovlig forlatt Unionen og heller ikke gitt av seg rettighetene til å styre sine egne anliggender. Sørstatene var enkle: pålegge betingelser når de kom tilbake til full status, for eksempel den ugjenkallelige avskaffelsen av slaveri, men ikke pålegge svart stemmerett som en betingelse for gjenopptakelse.
Ikke overraskende, da kongressen kom sammen igjen i desember, opprettet det republikanske flertallet Felles gjenoppbyggingskomité for å undersøke Johnsons politikk og stemte for ikke å ta opp de nyvalgte sørlige representantene eller å anerkjenne de nylig gjenopprettede statsregeringene som gyldige. Kongressen og presidenten kolliderte kontinuerlig de neste to årene.
2. mars 1867, etter store republikanske seire i off-year valget i 1866, flyttet kongressen for å begrense Johnsons makter på flere måter. Command of the Army Act ba presidenten om å utstede ordrer bare gjennom generalen for hæren, deretter Ulysses S. Grant, som ikke kunne fjernes eller sendes utenfor Washington uten tillatelse fra senatet. Samme dag vedtok kongressen tenure of office Act som forbød presidenten å fjerne visse føderale embetsmenn uten senatoriell godkjenning.
Ved slutten av 1867 holdt de fleste sørlige statene konstitusjonelle konvensjoner, og alle av dem ble dominert av en republikansk koalisjon bestående av hvite sørlendinger som støttet gjenoppbygging, nordlige transplantasjoner i sør og de nylig franchiserte frigitte. Mellom 22. og 25. juni 1868 godkjente Kongressen syv sørlige stater – Arkansas, Alabama, Florida, Georgia, Louisiana, North Carolina og South Carolina – til full status i Unionen.
Johnsons vetoer o f Gjenoppbyggingsaktene forsøkte å forhindre radikal gjenoppbygging ved å knytte den til hevn, underkastelse og uenighet. Han kalte kongressprogrammet en øvelse i «absolutt despotisme» som ville «afrikanisere» Sør, og han hevdet gjentatte ganger at gjenforeningen av Nord og Sør ville ha vært «lett og sikkert» hvis bare Kongressen ikke hadde trosset ham. Selv om han trodde han representerte viljen til de hvite massene i Nord så vel som Sør, var Johnson ute av takt med opinionen, og Kongressen overstyrte lett vetoene sine.
Grundig sperret i hver eneste sving, følte Johnson at han ikke hadde noe valg, men å utfordre det han anså for å være overvåkingen av presidentens autoritet i lov om tenure of office. Johnson forstod at han risikerte tiltale, og utfordret handlingen ved å avskjedige krigsminister Edwin Stanton 12. august 1867, mens kongressen var ute av sesjonen. Han kalte deretter general Grant som midlertidig krigssekretær. Da kongressen kom tilbake i desember, sendte Johnson sine begrunnelser til senatet, men senatet nektet å være enig med oppsigelsen i henhold til lovens bestemmelser. Grant brøt med presidenten.Krisen blusset opp igjen, men 21. februar 1868, da Johnson avskjediget Stanton igjen. 24. februar 1868 stemte huset for å anklage Johnson med en stemme på 126 mot 47 uten å avholde høringer først eller ha konkrete anklager mot ham. Huset tok deretter opp elleve anklager mot presidenten, hovedsakelig knyttet til hans påståtte brudd på tenure of Office Act og Command of the Army Act, men også inkludert anklager om at hans handlinger hadde ført til vanære og latterliggjøring av presidentskapet.
Lederne for Representantenes hus for anklagemyndighet presenterte artiklene for senatet for rettssak 4. mars, og rettssaken begynte med åpningsuttalelser 30. mars, ledet av Chief Justice Chase. Johnsons advokatfullmektig hevdet at Johnson hadde sparket Stanton for å teste konstitusjonaliteten i lov om tenure of office, og at hans handling verken utgjorde en høy forbrytelse eller en forseelse ved noen fornuftig definisjon av vilkårene. Stemmegivningen 16. mai sviktet senatet ikke domfelle Johnson med en stemme av de to tredjedeler som er nødvendige – 35 stemmer mot 19 stemmer. To påfølgende stemmesedler 26. mai ga de samme resultatene, og senatet ble utsatt som en anklagerett.
Tiltalen av Andrew Johnson involverte kompliserte spørsmål om lov, politikk og personligheter. I hjertet lå de nesten uopprettelige forholdene mellom president Johnson og kongressen om hvilket regjeringsorgan som skulle føre tilsyn med gjenoppbyggingen. Dette spørsmålet om konkurrerende autoritet maskerte imidlertid et mer grunnleggende spørsmål: Kongressen hadde instruert th den amerikanske hæren for å gjennomføre en politikk som dens øverstkommanderende motsatte seg sterkt. I strid med kongressens hensikt og Command of Army Act, hadde Johnson brukt sommeren 1867, da kongressen ikke var i økt, til å fjerne flere militære ledere til fordel for offiserer som støttet det hvite styre i Sør. Senere prøvde han å skape en «Army of the Atlantic», med hovedkontor i nasjonens hovedstad, som et middel til å skremme motstanderne i Kongressen. Å se at Johnson brukte hæren til å spille politikk og dermed sette livet til soldatene i fare. Grant vendte seg mot presidenten.
Hovedspørsmålet var Johnsons tap av støtte innen majoritetskongresspartiet. Nesten alle republikanerne var enige om at Johnson var totalt uegnet til embetet. Republikanerne følte at Johnson hadde vanæret regjeringen og partiet og fratok seg den moralske høyden som Unionen og republikanerne hadde vunnet i krigen.
Men dette var ikke klart uforsvarlige lovbrudd, og denne usikkerheten fungerte i presidentens favør. Fordi ingen visepresident hadde blitt valgt etter Johnsons oppstigning til presidentskapet, ville hans etterfølger ha vært Benjamin Wade, presidentens president i Senatet, en ekstrem radikal om gjenoppbygging og en mykpenger, arbeidskraftig politiker fryktet av mange nordlige forretningsmenn. Med senator Wade i vingene var mange Johnson-motstandere nølende med å stemme for å dømme, spesielt de som trodde at hvis Wade overtok presidentskapet, ville han kanskje prøve nominasjonen i 1868 og dermed blokkere general Grant. Også Chief Justice Chase nektet å la avvik fra anklagene diskutere eller inkludere bredere spørsmål om politikk.
Mange senatrepublikanere hadde bestemt seg for å gjøre det til en nær avstemning, men ikke en overbevisning.
Til slutt ble de syv republikanerne som stemte for å frikjenne – de fleste av dem støttespillere av Grant – lydløst støttet av deres moderate partikollegaer. Senatets republikanere hadde bestemt seg for å gjøre det til en tett avstemning, men ikke som en ulempe fiksjon, særlig når det ble klart at hvis Johnson ble frikjent, var han forberedt på å opphøre sine hindringsveier for resten av sin periode og stoppe hans innblanding i gjenoppbygging og med militærsjefene og krigsdepartementet.
Den endelige avstemningen opprettholdt prinsippet om at kongressen ikke skulle fjerne presidenten fra kontoret bare fordi medlemmene var uenige med ham om politikk, stil og administrasjon av embetet. Men det betydde ikke at presidenten beholdt regjeringsmakten. Resten av sin periode var Johnson en kryptering uten innflytelse på offentlig politikk. Videre ble det mellom hans presidentskap og århundreskiftet innført et «svakt presidentskap» -styresystem, som Woodrow Wilson omtalte i 1870-årene som «Kongressens regjering» fordi etter Johnson-kollapsen ble landet virkelig drevet av kongressen komiteens ledere og kabinetsekretærer.