ビザンチン帝国では、教会と国家は、天の政体の地上の対応物と考えられていた単一のキリスト教帝国の本質的な側面として不可解に結びついていました。したがって、後のビザンチン皇帝がそうであったように、教会の良い政府を促進し、正教会の教えを支持することは、ユスティニアヌスの義務でした。これは、彼の法律の多くが宗教問題を詳細に扱っている理由を説明しています。たとえば、異教徒、異端者、サマリタン人は、いかなる主題も教えることを禁じられており、古典的な遺産を十分に理解していましたが、ユスティニアヌス帝は、ギリシャの哲学ではなく異教主義に反対する行動である、かつて有名なアテネのアカデミーから異教徒の教師を追放しました。
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ユスティニアヌスの主な教義上の問題は、カルケドン公会議（451）で受け入れられた、神と人間の性質がキリストに共存するという正統的な見解と、彼の神性を強調した単性説の教えとの対立でした。単性説はシリアとエジプトで強く支持され、ビザンチンの支配に対する国民の感情と恨みの高まりと密接に関連していた。妻のテオドラが単性説の強力な擁護者であったユスティニアヌスは、東部の州を失うことを望んでいませんでしたが、一方で、彼らへの譲歩はローマと西部をほぼ確実に疎外することを知っていました。ユスティニアヌス帝は、正統派の西洋の司教たちに単性説との妥協点にたどり着かせようとしました。彼は、コンスタンティノープルでの彼の意志に反して教皇ウィギリウスを拘束し、アンティオキアの重要な教会の人物によるいくつかの著作を非難することさえしました。目的。第2コンスタンティノポリス評議会（553）はついにカルケドン派の立場を再確認し、アンティオキア容疑者の著作を非難した。しかし、ユスティニアヌス帝はこのエピソードでは何も達成しませんでした。彼は単性説を和解させなかった、彼はその教師への攻撃によってアンティオキアを激怒させ、そして彼は特に教皇ウィギリウスの扱いと教義上の問題を決定する彼の試みによってローマを興奮させた。評議会の法令はウィギリウスの後継者によって受け入れられなかったため、ローマとコンスタンティノープルの間で分裂が起こり、610年まで続いた。
彼の治世の終わりに向かって、ユスティニアヌスはある程度公務から撤退し、神学的問題で占められていました。 564年の終わりに、彼はキリストの人体は腐敗せず、苦しんでいるように見えるだけであると述べた勅令を出したとき、彼は異端に陥りさえしました（Aphthartodocetismと呼ばれる教義）。これは即座の抗議を引き起こし、多くの教会員はそれに同意することを拒否しましたが、皇帝の死により問題は取り下げられ、その時点で王位は565年に甥のユスティニアヌス2世に渡されました。教会を支配している国家）は誤解を招く恐れがあります。ユスティニアヌス帝は、後継のビザンチン皇帝のように、自分自身をキリストの代弁者と見なし、東ローマ帝国は、ラテンキリスト教世界で発展したような教会と国家の明確な区別を知りませんでした。