A székesegyház látszólagos alaki anarchiája kilenc fő kápolna érthető tervét rejti. A magas, sátor tetejű torony közepén az Istenanya közbenjárásának névadó temploma található. A négy legnagyobb kupola négy nyolcszögletű toronnyal rendelkezik: a Szent Ciprus templom & Justina, a Szentháromság temploma, a Szent Miklós csodatevő ikonjának temploma és az egyház az Úr Jeruzsálembe való belépésének napja. Végül négy kisebb kápolna van közöttük. Minden kápolnát a Kazan elleni harc eseményének vagy csatájának tiszteletére szenteltek fel.
A legenda szerint Iván megvakította az építészeket, hogy soha ne tudnának semmi hasonlót felépíteni. Ez azonban mítosz, mivel a feljegyzések azt mutatják, hogy negyed évszázaddal később (és négy évvel Iván halála után) egy kápolna hozzáadásával alkalmazták őket.
A Szent Vaszilij-templom A Blessed, az 1. emelet északkeleti kápolnája névadó szentjének lombkoronájával borított kriptáját tartalmazza, amely Moszkvában az egyik legelismertebb. A Boldog Vaszilij (Bazil), “szent bolond” néven ismert, néha mezítelen volt, és szándékosan megalázta magát Isten nagyobb dicsősége érdekében. Úgy gondolták, hogy látnok és csodatevő, sőt Rettenetes Iván is tisztelte és félte őt. Ez a 10. kápolna – az egyetlen földszinten – 1588-ban került hozzá, a szent halála után. Keresse meg a Szent Vaszilijot ábrázoló ikont, a háttérben a Vörös teret és a Kremlet.