Széles értelemben a “genotípus” kifejezés egy szervezet genetikai felépítésére utal, más szavakkal leírja a szervezet teljes génkészletét. szűkebb értelemben a kifejezés felhasználható az allélokra vagy a gén variánsaira, amelyeket egy szervezet hordoz. Az emberek diploid organizmusok, ami azt jelenti, hogy minden genetikai helyzetben két allél vagy lókuszuk van, az oneallele minden szülő. Minden allélpár egy adott gén genotípusát képviseli. Például édes borsó növényekben a virág színének génje két alléllal rendelkezik. Az egyik allél a lila virágokat kódolja, és nagybetűs F betű, míg a második a fehéret virágok és az f kisbetű képviseli. Az édes borsó növények változatos populációjában ezért három lehetséges genotípus jelenhet meg ezen a lokuszon: FF, Ff vagy ff. Minden növény genotípusa hozzájárul a fenotípusához, amely ebben az esetben a külső annak megjelenése virágok. Egy adott genotípust akkor írnak le ashomozigóta, ha két azonos allél van benne, és heterozigóta, ha a két allél eltér. A genotípus meghatározásának folyamatát genotipizálásnak nevezzük.