polgárháború
Eközben Róma falain kívülről Pompeius figyelte a város anarchiáját naponta tűrhetetlenebb. Kész volt arra, hogy megvárja anélkül, hogy elkötelezné magát, amíg az Optimumok elkerülhetetlen szövetséget találnak vele. Elutasította Caesar további házassági szövetségre vonatkozó ajánlatait. Rómában már 54-ben szó esett Pompeius diktatúrájáról. Az utcai erőszak lehetetlenné tette a választások lebonyolítását. Januárban 52 Clodiust megölték Titus Annius Milo fegyveres hívei, akiknek a konzulátusra való jelölését Pompeius és Clodius egyaránt keserűen ellenezte. Most mindkét frakció még erőszakosabbá vált. A szenátus házát a tömeg felégette. Mivel nincs hivatalban vezető bíró, a szenátusnak fel kellett szólítania Pompeust a rend helyreállítására. Ez volt az az óra, amire várt. Gyorsan összehívta a csapatokat Olaszországból. A nemeseknek nem lenne diktátora; biztonságosabbnak gondolták, ha kinevezik őt egyedüli konzulnak. Megújította az eljárást a bíróságokon, és létrehozott egy tekintélyes esküdtekből álló testületet. A választásokon elkövetett vesztegetés elleni szigorú törvényt visszamenőleg 70-re tették, és Pompeius minden tiltakozása ellenére Caesar barátai joggal vették célba. Egy másik hasznos törvény ötéves időtartamot írt elő a római bírói urak fennállása és a tartományi parancsok átvétele között. De ez és egy másik törvény, amely távollétében megtiltotta a pályázást, ténylegesen megsemmisítette Caesar azon elvárását, hogy kijelölt konzul legyen, és annyira biztonságos legyen a büntetőeljárástól, mielőtt hadseregét fel kellene oszlatnia Gallia területén. Az 51–50-es években több kísérletet tettek Caesar visszahívására Galliában töltött második ciklusa lejárta előtt. Frusztrálta őket Caesar frakciójának és ügynökeinek asszertivitása Rómában. Pompeius, a Caesar ambícióival szembeni növekvő félelme és gyanúja ellenére, csak 51 végén későn jött ki nyíltan Caesar ellen, amikor hirtelen világossá tette szándékát. Kijelentette, hogy nem veszi figyelembe azt a javaslatot, miszerint Caesar legyen kijelölt konzul, még akkor is, ha a hadseregét vezeti. A Caesar visszahívásának kompromisszumos időpontjára vonatkozó javaslatai elfogadhatatlanok voltak Caesar számára, akinek egyetlen forrása most a Galliaban felhalmozott vagyon felhasználása volt, hogy olyan embereket vásároljon, akik akadályozhatják ellenségeit a Szenátusban. Amikor a háború eljött, a szenátus egyenletesen oszlott meg Caesar és Pompey között. A konzulátusok szilárdan Pompey mellett álltak, bár egyszerűen csak kisebb rossznak tekintették. 50-ben késõbb Gaius Marcellus konzul, mivel nem akarta rávenni a szenátust, hogy nyilvánítsa Caesart közellenségnek, meglátogatta Pompey-t a konzulok jelöltjével, és kardot tett a kezébe. Pompeius elfogadta meghívásukat, hogy hadsereget állítsanak fel és megvédjék az államot. Caesar sztrájkra készülve továbbra is kompromisszumos megoldásokat kínált. 49. január 7-én a Szenátus végül hadiállapotot rendelt el. Négy nappal később Caesar átlépte a Rubicont.
Pompeius stratégiai terve az volt, hogy Rómát és Olaszországot Caesarra hagyja, és a tenger parancsára és a keleti erőforrásokra támaszkodva éhezik az olaszországi császáriak, de ő nem rendelkezett optimális szövetségeseinek fegyelmezett hűségével és teljes együttműködésével, és Caesar gyors előrelépése dél felé csak éppen nem akadályozta meg Olaszországból való kivonulását. Az Adrián túl, Dyrrhachiumnál (ma Durrës, Albánia) egyértelművé vált Pompeius stratégiájának bölcsessége. Caesar az üldözés során történt veszélyes átkelés után azon kapta magát, hogy tengeri úton elvágta olaszországi bázisától és felsőbb szárazföldi erőkkel néz szembe. Pompeiusnak azonban végül el kellett hagynia a Caesar többi erõjének tengeri blokádját Brundisiumban, és nem tudta megakadályozni, hogy átlépjenek Caesarhoz. Caesar hadseregét Pompeius dyrrhachiumi táborának támadásában visszaverték, és a nyugati gyors döntés hiányában Caesarnak keletre kellett költöznie Thesszáliába. Pompeius követte és egyesítette erőit a Szenátus ottani hadseregével Scipio alatt, ami Caesar helyzetét tarthatatlanná tette. Ebben a pillanatban Pompeius az optimális szövetségeseinek nyomására csatára döntött, ésszerű döntés, ha ellenfele nem volt a zseni parancsnoka. Pompeius katasztrofális vereséget szenvedett Pharsalus síkságán (48). Elmenekült táborából, amikor az ellenség megrohamozta, és a part felé tartott. Támogatóinak még három évig meg kellett gyűlniük és bevonniuk Caesart az Afrikában, Spanyolországban és Keleten folytatott heves harcokba, de Pompeius nem élt azért, hogy részt vegyen ebben a küzdelemben. Caesar gyors üldözésével siettette, elvesztette a kapcsolatot saját flottájával. Dél felé költözött Ciliciába, Ciprusra és Egyiptomba. Úgy döntött, hogy leszáll a Pelusiumban, és Ptolemaiosz, egykori ügyfelének segítségét kéri. A király vonult le a partra, látszólag üdvözölte őt, de tanácsosai úgy döntöttek, hogy nem kockáztatják meg a győztes Caesar megsértését.Pompeius kis százada a parton feküdt, míg Pompey feleségétől, Corneliától búcsúzva alattomos meghívást teljesített, hogy több társával együtt beléphessen egy kis csónakba, amelyet a partra szállítottak. Amikor partra készült lépni, hazaáruló módon lesújtották és meggyilkolták (ie 48. szept. 28.).