hengellinen herääminen
Tunnetumpi on Ignatiuksen toinen jakso, jolloin hän kääntyi kohti pyhää elämää. Hoidon jälkeen Pamplonassa hänet kuljetettiin Loyolaan kesäkuussa 1521. Siellä hänen tilansa muuttui niin vakavaksi, että jonkin ajan ajateltiin hänen kuolevan. Vaarasta poistuessaan hän päätti käydä tuskallisessa leikkauksessa korjatakseen virheet, jotka tehtiin, kun luu asetettiin ensimmäisen kerran. Tuloksena oli monien viikkojen toipuminen, jonka aikana hän luki Kristuksen elämän ja kirjan pyhien elämästä, ainoan lukemisen, jota linnalla oli. Hän vietti aikaa myös muistelemalla tarinoita taistelulajeista ja ajattelemalla upeaa naista, jota hän ihaili. Tämän pakotetun lukemisen alkuvaiheessa hänen huomionsa keskittyi pyhiin. Versio hänen lukemiensa pyhien elämästä sisälsi prologeja sistertsiläisen munkin erilaisille elämille, jotka ajattelivat Jumalan palvelemisen pyhänä ritarina. Tämä näkemys elämästä liikutti ja houkutteli Ignatiusta syvästi. Paljon pohdittuaan hän päätti jäljitellä pyhien pyhiä säästöjä tehdäkseen katumuksen synneistään.
Helmikuussa 1522 Ignatius jätti hyvästit perheestään ja meni Montserratiin, pyhiinvaelluspaikkaan Koillis-Espanjassa. Hän vietti kolme päivää koko elämänsä syntien tunnustamisessa, ripusti miekkansa ja tikarin Neitsyt Marian patsaan lähelle hylättyjen tavoitteidensa symboleina ja säkkiin pukeutuneena vietti 24. maaliskuuta yön rukouksessa. Seuraavana päivänä hän meni Manresaan, kaupunkiin, joka oli 48 km (30 mailia) Barcelonasta, kulkemaan uransa ratkaisevat kuukaudet 25. maaliskuuta 1522 helmikuun puoliväliin 1523. Hän asui kerjäläisenä, söi ja joi säästeliäästi , peseytyi itsestään, eikä ole kampaillut eikä leikkaanut hiuksiaan jonkin aikaa eikä katkaissut kynsiään. Hän osallistui päivittäin messuihin ja vietti seitsemän tuntia rukouksessa, usein luolassa Manresan ulkopuolella.
Manresan oleskelua leimasivat sekä hengelliset koettelemukset että ilo ja sisävalo. Yhden päivän ajan Cardoner-joen rannalla istuessaan ”hänen ymmärryksensä silmät alkoivat avautua ja näkemättä mitään näkemystä hän ymmärsi ja tiesi monia asioita, sekä hengellisiä asioita kuin uskon asioita” (omaelämäkerta, s. 30). Manresassa hän hahmotteli pienen kirjan Hengelliset harjoitukset perusteet. Pariisin (1535) opintojensa päättymiseen asti hän jatkoi siihen tehtävien lisäysten tekemistä. Sen jälkeen tapahtui vain pieniä muutoksia, kunnes paavi Paavali III hyväksyi sen vuonna 1548 Hengelliset harjoitukset on käsikirja hengellisistä aseista, joka sisältää elintärkeän ja dynaamisen hengellisyysjärjestelmän. Ignatius käytti sitä elämänsä aikana hengellisiin retriitteihin muille, etenkin seuraajilleen. Esite on todellakin evankeliumien mukautus tällaisiin retriitteihin.
Loppuosa päättäväisestä ajasta oli omistettu pyhiinvaellukselle Jerusalemiin. Ignatius lähti Barcelonasta maaliskuussa 1523 ja matkusti Rooman, Venetsian ja Kyproksen kautta saavuttaen Jerusalemin 4. syyskuuta. ave halusi asettua sinne pysyvästi, mutta latinalaisen kirkon pyhäkköjen fransiskaanilaiset eivät halunneet kuunnella tätä suunnitelmaa. Vieraillessaan Betaniassa, Öljymäellä, Betlehemissä, Jordan-joella ja Kiusauksen vuorella, Ignatius lähti Palestiinasta 3. lokakuuta ja kulki Kyproksen ja Venetsian kautta ja saavutti Barcelonan maaliskuussa 1524.