Eunice Kennedy Shriverin mukaan, kun Rosemary palasi Yhdysvaltoihin Yhdistyneestä kuningaskunnasta vuonna 1940, hän taantui; Shriver ilmoitti myöhemmin, että Rosemarystä tuli ”” yhä ärtyisempi ja vaikeampi ”” 22-vuotiaana. Rosemary kokee usein kouristuksia ja lentää väkivaltaisiin raivoihin, joissa hän lyö ja vahingoittaa muita tänä aikana. Rosemary erotettiin kesäleiriltä Länsi-Massachusettsissa ja viipyi vain muutaman kuukauden Philadelphian sisäoppilaitoksessa, Rosemary lähetettiin luostarikouluun Washingtonissa, D.C. Luostarin nunnat ajattelivat, että Rosemary saattaa olla tekemisissä miesten kanssa ja että hän voisi saada sukupuoliteitse tarttuvan taudin tai tulla raskaaksi. Hänen ajoittain virheellinen käytös turhautti vanhempiaan; hänen isänsä oli erityisen huolissaan siitä, että Rosemaryn käyttäytyminen häpeäisi ja häpeäisi perhettä ja vahingoittaisi hänen ja lastensa poliittista uraa.
Kun Rosemary oli 23-vuotias, lääkärit kertoivat isälleen eräänlaisen lobotomiana tunnettu psykokirurgia auttaisi rauhoittamaan hänen mielialan vaihteluitaan ja pysäyttämään ajoittaiset väkivaltaisuudet. Joseph Kennedy päätti, että Rosemarylla olisi oltava lobotomia; Hän ilmoitti kuitenkin vaimolleen päätöksestä vasta menettelyn päätyttyä. Menettely tapahtui marraskuussa 1941. James W. Watts, joka suoritti menettelyn Walter Freemanin (molemmat George Washington University University School of Medicine) kanssa, kuvaili menettelyä kirjailija Ronald Kesslerille seuraavasti:
Menimme pään yli, luulen, että Rosemary oli hereillä. Hänellä oli lievä rauhoittava aine. Tein kirurgisen viillon aivoihin kallon läpi. Se oli lähellä etuosaa. Se oli molemmin puolin. Teimme juuri pienen viillon, korkeintaan tuuman. ”Dr. Wattsin käyttämä instrumentti näytti voiveitiltä. Hän heilutti sitä ylös ja alas leikkaamaan aivokudosta.” Laitimme instrumentin sisälle ”, hän sanoi. Kuten tohtori Watts leikkasi, tohtori Freeman esitti Rosemarylle joitain kysymyksiä, esimerkiksi, hän pyysi häntä lukemaan Herran rukouksen tai laulamaan ”Jumala siunatkoon Amerikkaa” tai laskemaan taaksepäin. ”Teimme arvion siitä, kuinka pitkälle leikata sen perusteella, miten hän reagoi.” Kun Rosemary alkoi tulla epäjohdonmukaiseksi, he pysähtyivät.
Dr. Watts kertoi Kesslerille, että hänen mielestään Rosemary ei ollut kärsinyt henkisestä hidastumisesta vaan pikemminkin masennuksen muodosta. Katsaus kaikkiin kahden lääkärin kirjoittamiin asiakirjoihin vahvisti tohtori Wattsin ”julistuksen. Kaikilla potilailla, joita kaksi lääkäriä lobotomoitiin, todettiin olevan jonkinlainen mielenterveyden häiriö. Tohtori Bertram S. Brown, National Institute of Mielenterveys, joka oli aiemmin presidentti Kennedyn avustaja, kertoi Kesslerille, että Joe Kennedy viittasi tyttärensä Rosemaryn mielenterveydentilaan eikä henkisesti sairaana suojellakseen Johnin mainetta presidenttijohdossa ja että perheen puute tuki mielisairauksiin on osa perheen eliniän kieltämistä siitä, mikä todella oli.
Nopeasti kävi ilmi, että menettely ei ollut onnistunut. Kennedyn henkinen kyky heikkeni kahden vuoden tasolle. -vanha lapsi. Hän ei voinut kävellä tai puhua ymmärrettävästi ja oli inkontinenssi.
AftermathEdit
Lobotomian jälkeen Rosemary laitettiin välittömästi laitokseen. Aluksi hän asui useita vuosia Craig Housessa, yksityisessä psykiatrisessa sairaalassa tunti ja 30 minuuttia New Yorkista pohjoiseen. Vuonna 1949 hänet siirrettiin Jeffersoniin, Wisconsiniin, jossa hän asui loppuelämänsä St. Colettan poikkeuksellisten lasten koulun (aiemmin nimellä ”St. Coletta Institute for Backward Youth”) perusteella. Arkkipiispa Richard Cushing oli kertonut isälleen St. Colettasta, yli kolmesataa vammaista käsittelevästä laitoksesta, ja hänen isänsä matkusti ja rakensi hänelle yksityisen talon noin kilometrin päässä St. Colettan pääkampuksen ulkopuolelta Alvernon lähellä Talo, joka on suunniteltu aikuisille, jotka tarvitsevat elinikäistä hoitoa. Nunnat kutsuivat taloa ”Kennedyn mökiksi”. Kaksi katolista nunnaa, sisar Margaret Ann ja sisar Leona, hoitivat hoitoa yhdessä opiskelijan ja naisen kanssa, jotka työskentelivät keramiikan parissa Rosemaryn kanssa kolme yötä viikossa. Rosemarylla oli auto, jota voitiin käyttää hänen ratsastamiseen, ja koira, jolla hän voisi kävellä.
Vastauksena hänen tilaansa Rosemaryn vanhemmat erottivat hänet perheestään. Rose Kennedy ei vieraile hänen luonaan 20 vuoden ajan. Joseph P. Kennedy vanhempi ei käynyt tyttärensä luona laitoksessa. Rosemary: The Hidden Kennedy Daughter, kirjailija Kate Clifford Larson totesi, että Rosemaryn lobotomia oli piilossa perheeltä 20 vuoden ajan; yksikään sisaruksista ei tiennyt hänen olinpaikastaan. Kun hänen vanhempi veljensä John kampanjoi senaatin uudelleenvalinnasta vuonna 1958, Kennedyn perhe selitti poissaolonsa väittämällä, että hän oli syrjäinen.Kennedyn perhe selitti julkisesti poissaolonsa vasta vuonna 1961, kun John oli valittu presidentiksi. Kennedys ei paljastanut, että hänet laitettiin laitokseen epäonnistuneen lobotomian takia, mutta sanoi sen sijaan, että hänet pidettiin ”henkisesti hidastuneena”. Vuonna 1961 Joseph P.