Katedraalin ilmeinen muotojen anarkia piilottaa ymmärrettävän suunnitelman yhdeksästä pääkappelista. Keskellä olevassa korkeassa, telttakattoisessa tornissa on nimikirkko Jumalan äidin esirukoukselle. Neljä suurinta kupolia on neljän kahdeksankulmion muotoisen kappelin yläosassa: Pyhän kolminaisuuden kirkko, Pyhän Kolminaisuuden kirkko, Pyhän Kolminaisuuden kirkko, Pyhän Nikolauksen ihmetyöntekijän kirkko ja kirkko Herran saapumisesta Jerusalemiin. Lopuksi on neljä pienempää kappelia välillä. Jokainen kappeli vihittiin Kazanin taistelun tapahtuman tai taistelun kunniaksi.
Legendan mukaan Ivan sai arkkitehdit sokaisemaan, jotta he eivät koskaan pystyisi rakentamaan mitään vastaavaa. Tämä on kuitenkin myytti, sillä tietueiden mukaan heitä palkattiin neljännesvuosisata myöhemmin (ja neljä vuotta Ivanin kuoleman jälkeen) lisätäkseen rakenteeseen ylimääräistä kappelia.
Pyhän Vasilian kirkko Siunattu, koillisosassa sijaitseva kappeli 1. kerroksessa, sisältää nimimerkkipyhimyksensä katoksen peittämän krypatin, joka on yksi Moskovan arvostetuimmista. Siunattu Vasily (Basil) tunnettiin ”pyhänä tyhmänä”, joka toisinaan meni alasti ja nöyryytti tarkoituksellisesti itsensä Jumalan suuremman kunnian vuoksi. Hänen uskottiin olevan näkijä ja ihmetekijä, ja jopa Ivan Julma kunnioitti ja pelkäsi häntä. Tämä kymmenes kappeli – ainoa maanpinnan tasolla – lisättiin vuonna 1588 pyhän kuoleman jälkeen. Etsi ikoni, joka kuvaa Pyhää Vasiliaa, taustalla Punainen tori ja Kreml.