Cromwell parlamentissa
Cromwell oli tullut tunnetuksi eduskunnassa vuosina 1628–29 jonkin verran puhdas puritaani, joka oli aloittanut hyökkäyksen Kaarle I: n piispoja vastaan. Hän uskoi, että yksittäinen kristitty pystyi luomaan suoran yhteyden Jumalaan rukouksen avulla ja että papiston pääasiallisena tehtävänä oli innostaa maallikkoja saarnaamalla. Niinpä hän oli omasta taskustaan myötävaikuttanut kiertävien protestanttisten saarnaajien tai ”luennoitsijoiden” tukeen ja osoittanut avoimesti, että hän ei halunnut paikallista piispaansa Elyssä, joka oli korkea kirkon puolueen johtaja, joka kannatti rituaalin ja piispanhallinnon merkitystä. Hän kritisoi alahuoneen piispaa ja hänet nimitettiin komitean jäseneksi tutkimaan muita häntä vastaan tehtyjä valituksia.Cromwell itse asiassa ei luottanut koko Englannin kirkon hierarkiaan, vaikka hän ei koskaan vastustanut valtion kirkkoa. Siksi hän kannatti piispakunnan perustamisen lakkauttamista ja tietyn rituaalin kieltämistä, kuten yhteisen rukouskirjassa määrätään. Hän uskoi, että kristillisillä seurakunnilla olisi oltava mahdollisuus valita omat palvelijansa, joiden tulisi palvella heitä saarnaamalla ja rukoilemalla.
Cromwellin valinta Cambridgen kaupunginosan vuoden 1640 (katso lyhyt parlamentti; pitkä parlamentti) parlamentit olivat varmasti seurausta läheisistä siteistä hänen ja radikaalien puritaanien välillä kaupunginvaltuustossa. Parlamentissa hän vahvisti mainettaan uskonnollisena lämpöpäänä edistämällä radikaaleja uudistuksia. Itse asiassa hän oli liian suorapuheinen oppositiojohtajille, jotka lopettivat hänen käyttämisen suuhunsa pitkän parlamentin alkukuukausien jälkeen.
Vaikka Cromwell jakoi kollegoidensa valitukset verot, monopolit ja muut ihmisille asetetut rasitteet, hänen uskontonsa sai hänet ensin vastustamaan kuninkaan hallitusta. Kun John Pym ja hänen ystävänsä esittivät marraskuussa 1641 kuningas Kaarle I: lle ”suuren muistomerkin”, joka koostui yli 200 lausekkeesta, joista muun muassa verotettiin piispoja ”ja papiston turmeltunut osa, joka vaali muodollisuutta ja taikauskoa” tueksi omasta ”kirkollisesta tyranniastaan ja anastuksestaan”, Cromwell ilmoitti, että jos alahuone ei olisi hyväksynyt sitä, hän olisi myynyt kaiken, mitä hänellä oli ”seuraavana aamuna, eikä hän olisi koskaan nähnyt Englantia enempää.”
Kuningas ei hyväksynyt Remonstrancea, ja kuilu hänen ja alahuoneen johtavien kriitikoiden välillä kasvoi. Kuukautta myöhemmin Charles yritti turhaan pidättää viisi heistä maanpetoksesta: Cromwell ei ollut vielä niin merkittävä, että hän voisi olla joukossa. Mutta kun kuningas vuonna 1642 lähti Lontoosta nostaakseen armeijaa, ja tapahtumat ajelehtivat kohti sisällissotaa, Cromwell alkoi erottaa itsensä paitsi suorana puritaanina myös käytännön miehenä, joka kykenee järjestäytymään ja johtamaan. Heinäkuussa hän sai alahuoneelta luvan sallia Cambridgen vaalipiirinsä perustaa ja aseistaa yrityksiä puolustuksekseen. Elokuussa hän itse ratsasti Cambridgeen estääkseen korkeakouluja lähettämästä levyään sulattamasta kuninkaan hyväksi ja heti kun sota alkoi, hän värväsi joukon ratsuväkeä Huntingdonin syntymäpaikkaan. Kapteenina hän esiintyi ensimmäisen kerran joukkonsa kanssa Edgehillin taistelun viimeisissä vaiheissa (23. lokakuuta 1642), jossa Robert Devereux, Essexin kolmas Earl, oli parlamentin päällikkö komentajana sodan ensimmäisessä suuressa kilpailussa.