Laajassa merkityksessä termi ”genotyyppi” viittaa organismin geneettiseen koostumukseen, toisin sanoen se kuvaa organismin täydellistä geenisarjaa. Tarkemmin sanottuna termiä voidaan käyttää viittaamaan geenin alleeleihin tai muunnelmiin, joita organismi kuljettaa. kukin vanhempi. Jokainen alleelipari edustaa tietyn geenin genotyyppiä. Esimerkiksi makeassa herne-kasveissa kukan värigeenillä on kaksi alleelia. Yksi alleeli koodaa violetteja kukkia ja sitä edustaa iso kirjain F, kun taas toinen koodaa valkoista kukkia ja edustaa pientä kirjainta f. Monipuolisella makean herne-kasvien populaatiolla voi siksi olla kolme mahdollista genotyyppiä tässä lokerossa: FF, Ff tai ff. Kunkin kasvin genotyyppi vaikuttaa sen fenotyyppiin, joka tässä tapauksessa on ulospäin sen ulkonäkö kukat. Erityistä genotyyppiä kuvataan ashomotsygoottisena, jos siinä on kaksi identtistä alleelia, ja heterotsygoottisena, jos nämä kaksi alleelia eroavat toisistaan. Genotyypin määrittämisprosessia kutsutaan genotyypiksi.