sisällissota
Rooman muurien ulkopuolelta Pompey seurasi kaupungin anarkian kehittymistä päivittäin sietämättömämpi. Hän oli valmis odottamaan sitoutumatta siihen, kunnes optimaatit pitivät hänen kanssaan liittoa väistämättömänä. Hän kieltäytyi Caesarin uusista tarjouksista avioliittoon. Roomassa puhuttiin jo 54-luvulla Pompeius-diktatuurista. Katuväkivalta teki mahdottomaksi vaalien järjestämisen. Tammikuussa 52 Titus Annius Milon aseelliset seuraajat tappoivat Clodiusin, jonka sekä Pompeius että Clodius vastustivat katkerasti konsulin ehdokkuutta. Nyt molemmat ryhmät räjähtivät vieläkin suurempaan väkivaltaan. Joukko poltti senaatin talon. Koska vanhempia tuomareita ei ollut virassa, senaatin täytyi kutsua Pompeysta palauttamaan järjestys. Se oli tunti, jota hän oli odottanut. Hän kutsui nopeasti joukot Italiasta. Aatelistoilla ei olisi häntä diktaattorina; heidän mielestään oli turvallisempaa nimittää hänet ainoaksi konsuliksi.
Pompeyn 52-vuotias laki paljastaa hänen todellisen kiinnostuksensa uudistuksiin ja hänen käyttäytymisensä Caesaria kohtaan. Hän uudisti menettelyn tuomioistuimissa ja tuotti kunnioitettavan tuomariston paneelin. Vakava laki lahjontaa vastaan vaaleissa tehtiin takautuvaksi 70: een, ja Caesarin ystävät pitivät oikeutetusti kaikkien Pompeius-mielenosoitusten vuoksi häntä kohdennettuna. Toinen hyödyllinen laki pakotti viiden vuoden välein Rooman tuomareiden toimikautensa ja maakunnan komentojen olettamuksen välillä. Mutta tämä ja toinen laki, joka kielsi ehdokkuuden poissa ollessa, tuhosi tosiasiallisesti Caesarin odotuksen siitä, että hänestä tulisi nimetty konsuli ja niin turvattu syytteiltä, ennen kuin hänen täytyi hajottaa armeijansa Galliassa. Vuosina 51–50 tehtiin useita yrityksiä kutsua Caesar takaisin ennen hänen toisen toimikautensa loppua Galliassa. He olivat turhautuneita Caesarin ryhmittymän ja agenttien itsevarmuudesta Roomassa. Pompeius tuli kaikesta kasvavasta pelostaan ja epäilystään Caesarin tavoitteista huolimatta avoimesti Caesaria vastaan vasta myöhään 51: ssä, kun hän yhtäkkiä selvitti aikomuksensa. Hän ilmoitti, että hän ei harkitse ehdotusta, jonka mukaan Caesarin tulisi tulla nimitetyksi konsuliksi, vaikka hän vielä johtaisi armeijaansa. Hänen ehdotuksensa kompromissipäivästä Caesarin palauttamiseksi ei ollut hyväksyttävää Caesarille, jonka ainoa voimavara oli nyt käyttää Galliassa kertynyttä varallisuutta sellaisten miesten ostamiseen, jotka voisivat estää hänen vihollisensa senaatissa. Sodan tullessa senaatti jakautui tasaisesti Caesarin ja Pompeiusin kesken. Konsulaatit olivat vakaasti Pompeylle, vaikka he pitivät häntä yksinkertaisesti pienempänä pahana. Myöhään 50: ssä konsuli Gaius Marcellus, joka ei kyennyt saamaan senaattia julistamaan Caesaria julkiseksi viholliseksi, vieraili Pompeysissa konsulien nimeämänä ja asetti miekan hänen käsiinsä. Pompey hyväksyi kutsunsa armeijan rakentamiseksi ja valtion puolustamiseksi. Caesar jatkoi kompromissiratkaisujen tarjoamista lakkoa valmistautuessaan. Senaatti julisti lopullisesti sotatilan 7. tammikuuta 49. Neljä päivää myöhemmin Caesar ylitti Rubiconin.
Pompeuksen strategisena suunnitelmana oli hylätä Rooma ja Italia Caesarille ja luottaa hänen merikomentoonsa ja idän voimavaroihin nälkään keisarit Italiasta, mutta hän hänellä ei ollut Optimate-liittolaistensa kurinalaista uskollisuutta ja täyttä yhteistyötä, ja Caesarin nopea eteneminen etelään vain ei onnistunut estämään hänen vetäytymistään Italiasta. Dyrrhachiumissa (nykyisin Durrës, Albania) Adrianmeren toisella puolella Pompeius-strategian viisaus tuli selväksi. Caesar huomasi vaarallisen ylityksen jälkeen etsivänsä, että hänet erotettiin merialueelta Italiassa sijaitsevasta tukikohdastaan ja edessään ylivoimaisia maavoimia. Pompeius joutui kuitenkin lopulta luopumaan muiden merivoimien saartosta Caesarin joukkoista Brundisiumissa eikä onnistunut estämään heidän ylitystään liittyäkseen Caesariin. Caesarin armeija torjuttiin pahoinpitelyssä Pompeiusin leirillä Dyrrhachiumissa, ja koska länsimaissa ei saatu aikaan nopeaa päätöstä, Caesarin oli pakko siirtyä itään Thessaliaan. Pompeius seurasi ja yhdisti voimansa senaatin armeijan kanssa siellä Scipion alla, mikä teki Caesarin asemasta kestämättömän. Tässä vaiheessa Pompey päätti Optimate-liittolaistensa painostuksesta taisteluun, joka oli riittävän järkevä päätös, ellei hänen vastustajansa olisi ollut nero-komentaja. Pompeius kärsi tuhoisan tappion Pharsaloksen tasangolla (48). Hän pakeni leiristään, kun vihollinen hyökkäsi siihen ja matkusti rannikolle. Hänen kannattajiensa oli määrä kokoontua ja ottaa Caesar mukaan koviin taisteluihin Afrikassa, Espanjassa ja idässä vielä kolmen vuoden ajan, mutta Pompeius ei elänyt osallistumaan tähän taisteluun. Caesarin nopean etsinnän jälkeen hän menetti yhteyden omaan laivastoonsa. Hän muutti etelään Kilikiaan, Kyprokseen ja Egyptiin. Hän päätti laskeutua Pelusiumiin ja pyytää apua entiseltä asiakkaaltaan Ptolemaiokselta. Kuningas marssi alas rannikolle näennäisesti toivottaakseen hänet tervetulleeksi, mutta hän ja hänen neuvonantajansa olivat päättäneet olla vaarantamatta voittajaa keisaria.Pompeyn pieni laivue makasi merellä, kun Pompey, joka jätti jäähyväiset vaimolleen Cornelialle, täytti salakavalan kutsun saapua useiden seuralaisten kanssa pieneen veneeseen, joka lähetettiin tuomaan hänet maahan. Kun hän valmistautui astumaan maihin, hänet salamurhattiin ja surmattiin (28. syyskuuta 48 eaa).