La teoría de gérmenes, en medicina, la teoría de que ciertas enfermedades son causadas por la invasión del cuerpo por microorganismos, organismos demasiado pequeños para ser vistos excepto a través de un microscopio . El químico y microbiólogo francés Louis Pasteur, el cirujano inglés Joseph Lister y el médico alemán Robert Koch reciben gran parte del crédito por el desarrollo y la aceptación de la teoría. A mediados del siglo XIX, Pasteur demostró que la fermentación y la putrefacción son causadas por organismos en el aire; en la década de 1860, Lister revolucionó la práctica quirúrgica al utilizar ácido carbólico (fenol) para excluir los gérmenes atmosféricos y así prevenir la putrefacción en fracturas compuestas de huesos; y en la década de 1880, Koch identificó los organismos que causan la tuberculosis y el cólera.
Aunque la teoría de los gérmenes se ha considerado probada durante mucho tiempo, sus implicaciones completas para la práctica médica no fueron evidentes de inmediato; Las levitas manchadas de sangre se consideraban vestimenta adecuada para el quirófano incluso a fines de la década de 1870, y los cirujanos operaban sin máscaras ni cubiertas para la cabeza hasta la década de 1890.