La aparente anarquía de formas de la catedral esconde un plan comprensible de nueve capillas principales. La alta torre con techo de carpa en el centro alberga la Iglesia homónima de la Intercesión de la Madre de Dios. Las cuatro cúpulas más grandes encabezan cuatro capillas con torres octogonales: la Iglesia de San Cipriano & Justina, la Iglesia de la Santísima Trinidad, la Iglesia del Icono de San Nicolás el Hacedor de Milagros y la Iglesia de la entrada del Señor en Jerusalén. Finalmente, hay cuatro capillas más pequeñas en el medio. Cada capilla fue consagrada en honor a un evento o batalla en la lucha contra Kazán.
Cuenta la leyenda que Iván hizo cegar a los arquitectos para que nunca pudieran construir nada comparable. Sin embargo, esto es un mito, ya que los registros muestran que fueron empleados un cuarto de siglo más tarde (y cuatro años después de la muerte de Iván) para agregar una capilla adicional a la estructura.
La Iglesia de San Vasily el Bendita, la capilla del noreste en el primer piso, contiene la cripta cubierta por un dosel de su santo homónimo, uno de los más venerados en Moscú. Vasily (Basil) el Bendito era conocido como un «santo tonto», a veces iba desnudo y se humillaba a propósito para la mayor gloria de Dios. Se creía que era un vidente y hacedor de milagros, e incluso Iván el Terrible lo veneraba y temía. Esta décima capilla, la única a nivel del suelo, fue agregada en 1588, después de la muerte del santo. Busque el ícono que representa al propio San Vasili, con la Plaza Roja y el Kremlin al fondo.