Para celebrar las matemáticas en el nuevo milenio, el Instituto de Matemáticas Clay de Cambridge, Massachusetts (CMI) estableció siete Problemas del Premio. Los premios se concibieron para registrar algunos de los problemas más difíciles con los que se enfrentaban los matemáticos en el cambio de milenio; elevar en la conciencia del público en general el hecho de que en matemáticas, la frontera todavía está abierta y abunda en importantes problemas sin resolver; enfatizar la importancia de trabajar hacia la solución de los problemas más profundos y difíciles; y reconocer logros en matemáticas de magnitud histórica.
Los premios fueron anunciados en una reunión en París, celebrada el 24 de mayo de 2000 en el Collège de France. Se presentaron tres conferencias: Timothy Gowers habló sobre La importancia de las matemáticas; Michael Atiyah y John Tate hablaron sobre los problemas mismos.
Los siete problemas del Premio Millennium fueron elegidos por el Comité Asesor Científico fundador de CMI, que se reunió con los principales expertos de todo el mundo. La junta se centró en importantes cuestiones clásicas que se han resistido a la solución durante muchos años.
Tras la decisión de la Junta Asesora Científica, la Junta Directiva de CMI designó un fondo de premios de $ 7 millones para las soluciones a estos problemas, con $ 1 millón asignado a la solución de cada problema.
Es de notar que uno de los siete Problemas del Premio Milenio, la hipótesis de Riemann, formulada en 1859, también aparece en la lista de veinte tres problemas discutidos en el discurso pronunciado en París por David Hilbert el 9 de agosto de 1900.
Las bases para la entrega del premio cuentan con el aval del Consejo Asesor Científico del CMI y la aprobación de los Directores. Los miembros de estas juntas tienen la responsabilidad de preservar la naturaleza, la integridad y el espíritu de este premio.