Cromwell en el Parlamento
Cromwell ya se había hecho conocido en el Parlamento de 1628–29 como un apasionado y Puritano algo grosero, que había lanzado un ataque contra los obispos de Carlos I. Creía que el cristiano individual podía establecer contacto directo con Dios a través de la oración y que el principal deber del clero era inspirar a los laicos mediante la predicación. Por lo tanto, había contribuido de su propio bolsillo al apoyo de predicadores protestantes itinerantes o «conferenciantes» y mostró abiertamente su disgusto por su obispo local en Ely, un líder del partido de la Alta Iglesia, que representaba la importancia del ritual y la autoridad episcopal. Criticó al obispo en la Cámara de los Comunes y fue nombrado miembro de un comité para investigar otras quejas en su contra Cromwell, de hecho, desconfiaba de toda la jerarquía de la Iglesia de Inglaterra, aunque nunca se opuso a una iglesia estatal. Por lo tanto, abogó por la abolición de la institución del episcopado y la prohibición de un ritual establecido como se prescribe en El Libro de Oración Común. Creía que las congregaciones cristianas deberían poder elegir a sus propios ministros, que deberían servirles mediante la predicación y la oración extemporánea.
La elección de Cromwell para Los parlamentos de 1640 (ver Parlamento corto; Parlamento largo) para el distrito de Cambridge fue sin duda el resultado de estrechos vínculos entre él y los puritanos radicales en el ayuntamiento. En el Parlamento reforzó su reputación de exaltado religioso al promover una reforma radical. De hecho, fue demasiado franco para los líderes de la oposición, que dejaron de usarlo como portavoz después de los primeros meses del Parlamento Largo.
De hecho, aunque Cromwell compartió las quejas de sus compañeros sobre impuestos, monopolios y otras cargas impuestas al pueblo, fue su religión la que primero lo llevó a oponerse al gobierno del rey. Cuando en noviembre de 1641 John Pym y sus amigos presentaron al rey Carlos I una «Gran protesta», que constaba de más de 200 cláusulas, entre las que se encontraba una que censuraba a los obispos «y a la parte corrupta del clero, que aprecia la formalidad y la superstición» en apoyo de su propia «tiranía y usurpación eclesiástica», Cromwell declaró que si no hubiera sido aprobada por la Cámara de los Comunes, habría vendido todo lo que tenía «a la mañana siguiente, y nunca más habría visto Inglaterra».
La protesta no fue aceptada por el rey, y el abismo entre él y sus principales críticos en la Cámara de los Comunes se ensanchó. Un mes después, Charles intentó en vano arrestar a cinco de ellos por traición: Cromwell aún no era lo suficientemente prominente para estar entre ellos. Pero cuando en 1642 el rey abandonó Londres para formar un ejército y los acontecimientos derivaron hacia una guerra civil, Cromwell comenzó a distinguirse no solo como un puritano franco, sino también como un hombre práctico, capaz de organización y liderazgo. En julio obtuvo el permiso de la Cámara de los Comunes para permitir que su circunscripción de Cambridge formara y armara compañías para su defensa, en agosto él mismo viajó a Cambridge para evitar que las universidades enviaran su placa para que se fundiera en beneficio del rey. , y tan pronto como comenzó la guerra, alistó una tropa de caballería en su lugar de nacimiento de Huntingdon. Como capitán hizo su primera aparición con su tropa en las etapas finales de la Batalla de Edgehill (23 de octubre de 1642), donde Robert Devereux, tercer conde de Essex, fue comandante en jefe del Parlamento en la primera gran contienda de la guerra.