La evidencia fósil
Aparte del descubrimiento original de la mandíbula, el cráneo y la mano de 1.8 millones de años huesos de un individuo juvenil llamado Olduvai Homínido 7 (OH 7), fósiles adicionales de Olduvai se han atribuido a H. habilis. En 1963 salieron a la luz trozos de otro cráneo de paredes delgadas junto con mandíbulas y dientes superiores e inferiores. Solo un mes después se encontró un tercer cráneo, pero los huesos habían sido pisoteados por el ganado después de haber sido arrastrados a un barranco. Algunos de los dientes sobrevivieron, pero el cráneo se rompió en muchos pequeños fragmentos; sólo la parte superior de la caja del cerebro, o bóveda, se ha reconstruido. Esos dos cráneos se llaman OH 13 y OH 16.
Desde 1964 se ha descubierto más material. Un espécimen intrigante es el OH 24, que también era de Olduvai y data de aproximadamente 1,8 millones de años. Este cráneo es más completo que otros de Olduvai. Sin embargo, debido a que algunos de los huesos están aplastados y distorsionados, la cara y el cráneo están deformados. El OH 24 puede diferir del Australopithecus en el tamaño del cerebro y las características dentales, pero se parece a los australopithecus del sur de África en otras características, como la forma de la cara.
Los descubrimientos importantes hechos en la región de Koobi Fora en el norte de Kenia incluyen un controvertido cráneo llamado KNM-ER 1470 (Museo Nacional de Kenia – East Rudolf), que fue descubierto en 1972 y data de 1,9 millones de años. El espécimen se parece tanto al Australopithecus como al Homo. Al igual que en el caso del OH 16, esta muestra se había roto en muchos fragmentos, que solo podían recogerse después de un cribado exhaustivo de los depósitos. Algunas de las piezas se encajaron luego en la reconstrucción de un rostro y gran parte de una gran bóveda. El volumen del cerebro se puede medir con bastante precisión y es de unos 750 cm cúbicos (cc) o 46 pulgadas cúbicas. Esta evidencia llevó a algunos paleoantropólogos a describir a ER 1470 como uno de los representantes indudables más antiguos del género Homo porque algunas otras características de la caja cerebral también son similares a las de Homo. Al mismo tiempo, es evidente que el esqueleto facial es relativamente grande y aplanado en sus partes inferiores. En este sentido, el espécimen de Koobi Fora se parece anatómicamente al Australopithecus.
Entre otros hallazgos clave de la región de Koobi Fora se encuentran KNM-ER 1813 y KNM-ER 1805. Ambos fueron descubiertos en 1973, ER 1813 data de 1.9 mya y ER 1805 data de 1.7 mya . El primero, que es casi un cráneo, es más pequeño que el ER 1470 y se parece al OH 13 en muchos detalles, incluido el tamaño y la morfología del diente. Este último cráneo presenta algunos rasgos peculiares. Aunque la caja cerebral de ER 1805 tiene un volumen cercano a los 600 cc (36,6 pulgadas cúbicas) y, por lo tanto, se expande moderadamente más allá del tamaño esperado en Australopithecus, una cresta ósea corre a lo largo de la parte superior del cráneo. Esta cresta sagital se combina con otra cresta prominente orientada a lo largo de la parte posterior del cráneo. Estas crestas indican que los músculos masticadores y los músculos del cuello se desarrollaron poderosamente. Un patrón similar, aunque más exagerado, de crestas aparece en los llamados australopitecos robustos, pero no en el Homo. Sin embargo, otras características de ER 1805 son similares a las del Homo. Como resultado, ha habido un desacuerdo entre los anatomistas con respecto a la especie de homínido a la que debe asignarse este individuo. A pesar de sus anomalías, ER 1805 a menudo se analiza junto con otros especímenes agrupados como H. habilis.
Se han recuperado varias mandíbulas que se asemejan a las de OH 7 del área de Koobi Fora, y dientes que pueden pertenecer a H. habilis se han encontrado más al norte, en el valle del río Omo en Etiopía. Se conoce algún material adicional, incluido un cráneo muy roto, de la cueva de Swartkrans en Sudáfrica. En Swartkrans, los fósiles se mezclan con muchos otros huesos de australopites robustos. Una de las primeras especies de Homo también puede estar presente en Sterkfontein, no lejos de Swartkrans. Aquí nuevamente los restos son fragmentarios y no particularmente informativos.
Un descubrimiento más valioso fue reportado en Olduvai Gorge en 1986. Una mandíbula con dientes y fragmentos de cráneo, así como partes de un brazo derecho y ambas piernas fueron encontró. Los huesos parecen representar a un individuo, datado en 1.8 millones de años y llamado OH 62. Aunque el cráneo está destrozado, se conserva suficiente parte de la cara para sugerir similitudes con los primeros Homo. El hallazgo es especialmente importante debido a las extremidades, que muestran que el OH 62 era un homínido muy pequeño. El brazo es largo en relación con la pierna, lo que resulta en proporciones corporales que difieren dramáticamente de las de los homínidos más modernos.
Uno de los descubrimientos más importantes del siglo XXI incluyó una mandíbula encontrada en el Ledi-Geraru sitio de investigación en el valle del río Awash de Etiopía en 2013, que podría ser el espécimen más antiguo conocido atribuido a H. habilis. Con fecha de 2.8 a 2.75 millones de años, posee algunos de los rasgos primitivos que ocurren en Australopithecus, mientras que también contiene rasgos derivados (como dientes más pequeños y un mentón muy reducido) asociados con especies posteriores de Homo. El espécimen ha resultado útil para cerrar la brecha de casi un millón de años en la datación entre los fósiles asociados con A. afarensis y los fósiles asociados con Homo. Sin embargo, muchos paleontólogos, incluido el descubridor, el paleontólogo estadounidense Brian Villmoare, dudan en asociarlo inequívocamente con H. habilis hasta que se encuentren restos adicionales.