La holoprosencefalia no sindrómica es una anomalía 
del cerebro que también afecta la cabeza y la cara. Normalmente, el cerebro se divide en dos mitades (hemisferios ) durante el desarrollo temprano. La holoprosencefalia ocurre cuando el cerebro no se divide correctamente en los hemisferios derecho e izquierdo. Esta afección se denomina no sindrómica para distinguirla de otros tipos de holoprosencefalia causada por síndromes genéticos, anomalías cromosómicas o sustancias que causan defectos de nacimiento (teratógenos). La gravedad de la holoprosencefalia no sindrómica varía ampliamente entre los individuos afectados, incluso dentro de la misma familia.
La holoprosencefalia no sindrómica se puede agrupar en cuatro tipos según el grado de división cerebral. De mayor a menor gravedad, los tipos se conocen como alobar , semi-lobar , lobar y la variante interhemisférica media (MIHV). En las formas más graves de holoprosencefalia no sindrómica, el cerebro no se divide en absoluto. Estos individuos afectados tienen un ojo central (ciclopía) y una estructura nasal tubular (probóscide) ubicada sobre el ojo. La mayoría de los bebés con holoprosencefalia no sindrómica grave mueren antes del nacimiento o poco después. En las formas menos graves, el cerebro está parcialmente dividido y los ojos suelen estar muy juntos (hipotelorismo). La esperanza de vida de estas personas afectadas varía según la gravedad de los síntomas.
Las personas con holoprosencefalia no sindrómica a menudo tienen una cabeza pequeña (microcefalia), aunque pueden desarrollar una acumulación de líquido en el cerebro (hidrocefalia) que provoca un aumento del tamaño de la cabeza (macrocefalia). Otras características pueden incluir una abertura en el techo de la boca (paladar hendido ) con o sin una hendidura en el labio superior (labio leporino ), un diente frontal central en lugar de dos (un solo incisivo central superior ) y un puente nasal plano. Los globos oculares pueden ser anormalmente pequeños (microftalmia) o estar ausentes (anoftalmia).
Algunas personas con holoprosencefalia no sindrómica tienen un patrón distintivo de rasgos faciales, incluido un estrechamiento de la cabeza en las sienes , las esquinas exteriores de los ojos que apuntan hacia arriba (fisuras palpebrales hacia arriba ), orejas grandes, nariz corta con fosas nasales hacia arriba y un espacio ancho y ancho entre la nariz y la boca (surco nasolabial). En general, la gravedad de los rasgos faciales está directamente relacionada con la gravedad de las anomalías cerebrales. Sin embargo, las personas con rasgos faciales levemente afectados pueden tener anomalías cerebrales graves. Algunas personas no tienen anomalías cerebrales estructurales aparentes, pero tienen algunos de los rasgos faciales asociados con esta afección. Se considera que estas personas tienen una forma del trastorno conocido como holoprosencefalia microforma y generalmente se identifican después del nacimiento de un familiar gravemente afectado.
La mayoría de las personas con holoprosencefalia no sindrómica tienen retraso en el desarrollo y discapacidad intelectual. Las personas afectadas también tienen con frecuencia una glándula pituitaria que funciona mal, que es una glándula ubicada en la base del cerebro que produce varias hormonas. Debido a que la disfunción pituitaria conduce a la ausencia parcial o completa de estas hormonas, puede causar una variedad de trastornos. Con mayor frecuencia, las personas con holoprosencefalia no sindrómica y disfunción pituitaria desarrollan diabetes insípida, una afección que altera el equilibrio entre la ingesta de líquidos y la excreción de orina. La disfunción en otras partes del cerebro puede causar convulsiones, dificultades para alimentarse y problemas para regular la temperatura corporal, la frecuencia cardíaca y la respiración. El sentido del olfato puede estar disminuido (hiposmia) o completamente ausente (anosmia) si la parte del cerebro que procesa los olores está subdesarrollada o falta.