Después de la caída de los girondinos, los Montagnards se vieron obligados a lidiar con los desesperados posición. Amenazada desde dentro por el movimiento federalista y por la guerra civil en Vendée en el noroeste y amenazada en las fronteras por la coalición anti-francesa, la Revolución movilizó sus recursos para la victoria. En su diario, Robespierre señaló que lo que se necesitaba era «une volonté une» («una sola voluntad»), y este poder dictatorial iba a caracterizar al gobierno revolucionario. Sus órganos esenciales habían sido creados y él se dispuso a hacerlos funcionar.
El 27 de julio de 1793, Robespierre ocupó su lugar en el Comité de Seguridad Pública, que se había creado por primera vez en abril. Mientras algunos de sus colegas estaban en misiones y otros estaban preocupados con asignaciones especiales, él se esforzó por evitar la división entre los revolucionarios confiando en las sociedades jacobinas y los comités de vigilancia. En adelante, sus acciones serían inseparables de las del gobierno en su conjunto. Como presidente del Club Jacobin y luego de la Convención Nacional, denunció los esquemas de los radicales parisinos conocidos como los Enragés, que utilizaban la escasez de alimentos para agitar las secciones de París. Robespierre respondió a los manifestantes el 5 de septiembre prometiendo precios máximos para todos los alimentos y una milicia revolucionaria para usar en el interior contra los contrarrevolucionarios y los acaparadores de granos.
Para lograr un reclutamiento masivo, una dictadura económica y total guerra, pidió intensificar el Reino del Terror. Pero se opuso a las ejecuciones sin sentido, protegiendo a los diputados que habían protestado por la detención de los girondinos y de la hermana del rey. Estaba enfermo por las masacres toleradas por los representantes en misión (miembros de la Convención Nacional enviados para quebrar la oposición en las provincias) y exigió su destitución por «deshonrar la Revolución».
Robespierre dedicó su informe de 5 Nivôse, año II (25 de diciembre de 1793), para justificar la dictadura colectiva de la Convención Nacional, la centralización administrativa y la depuración de las autoridades locales. Protestó contra las distintas facciones que amenazaban al gobierno. Hébertistas, Cordeliers y todos los militantes populares pidieron medidas más radicales y alentaron la descristianización y el enjuiciamiento de los acaparadores de alimentos. Sus excesos atemorizaron a los campesinos, que no pudieron haber sido complacidos con los decretos del 8 y 13 de Ventôse, año II (26 de febrero y marzo 3, 1794), que preveía la distribución entre los pobres de la propiedad de los sospechosos.
Reapareciendo en el Jacobin Club después de un mes de enfermedad, Robespierre denunció la r el revolucionario adical Jacques-René Hébert y sus seguidores, quienes junto con algunos agentes extranjeros fueron ejecutados en marzo. Aquellos que querían, como Georges Danton, detener el Reino del Terror y la guerra atacaron las políticas del Comité de Seguridad Pública con creciente violencia. Robespierre, aunque todavía vacilante, encabezó la Convención Nacional contra estos supuestos indulgentes. Los líderes dantonistas y los diputados comprometidos en la liquidación de la Compañía Francesa de las Indias Orientales fueron guillotinados el 16 de Germinal (5 de abril).
Un deísta al estilo de Jean-Jacques Rousseau , Robespierre desaprobó el movimiento anticristiano y las «mascaradas» del culto a la razón. En un informe a la Convención Nacional en mayo, afirmó la existencia de Dios y la inmortalidad del alma y se esforzó por reunir a los revolucionarios en torno a un religión cívica y el culto al Ser Supremo. Que siguió siendo extremadamente popular se demuestra por las ovaciones públicas que recibió después del fallido atentado contra su vida de Henri Admirat el 3 Prairial (22 de mayo). La Convención Nacional lo eligió presidente, el 16 Prairial ( 4 de junio), por 216 votos de 220. En esta capacidad, dirigió el festival del Ser Supremo («Etre suprême») en los Jardines de las Tullerías el 20 de Prairial (8 de junio), que debía proporcionar a sus enemigos otra arma contra él.