Bürgerkrieg
Währenddessen beobachtete Pompeius von außerhalb der Mauern Roms, wie die Anarchie in der Stadt wurde täglich unerträglicher. Er war bereit zu warten, ohne sich zu verpflichten, bis die Optimaten eine Allianz mit ihm unvermeidlich fanden. Er lehnte weitere Angebote von Caesar für ein Ehebündnis ab. Bereits in Rom war von einer Diktatur für Pompeius die Rede. Straßengewalt machte es unmöglich, die Wahlen abzuhalten. Im Januar 52 wurde Clodius von bewaffneten Anhängern von Titus Annius Milo getötet, dessen Kandidatur für das Konsulat sowohl von Pompeius als auch von Clodius bitter abgelehnt wurde. Jetzt explodierten beide Fraktionen in noch größere Gewalt. Das Senatshaus wurde von der Menge niedergebrannt. Da keine hochrangigen Richter im Amt waren, musste der Senat Pompeius auffordern, die Ordnung wiederherzustellen. Es war die Stunde, auf die er gewartet hatte. Er rief schnell Truppen aus Italien herbei. Die Adligen würden ihn nicht als Diktator haben; Sie hielten es für sicherer, ihn zum alleinigen Konsul zu ernennen.
Pompeys Gesetzgebung von 52 zeigt sein echtes Interesse an Reformen und die Doppelspurigkeit seines Verhaltens gegenüber Cäsar. Er reformierte das Verfahren vor Gericht und setzte eine Jury aus angesehenen Juroren ein. Ein strenges Gesetz gegen Bestechung bei Wahlen wurde rückwirkend auf 70 gesetzt und trotz aller Proteste von Pompeius von Caesars Freunden zu Recht als auf ihn gerichtet angesehen. Ein weiteres nützliches Gesetz erzwang ein Fünfjahresintervall zwischen der Amtszeit von Magistraten in Rom und der Übernahme von Provinzkommandos. Aber dieses und ein anderes Gesetz, das eine Kandidatur in Abwesenheit untersagte, zerstörte effektiv den Grund für Caesars Erwartung, dass er zum Konsul ernannt und so vor Strafverfolgung geschützt werden sollte, bevor er seine Armee in Gallien auflösen musste. In den Jahren 51 bis 50 wurden mehrere Versuche unternommen, Caesar vor Ablauf seiner zweiten Amtszeit in Gallien zurückzurufen. Sie waren frustriert über die Durchsetzungskraft von Caesars Fraktion und Agenten in Rom. Pompeius trat trotz all seiner wachsenden Angst und seines Misstrauens gegenüber Caesars Ambitionen erst Ende 51 offen gegen Caesar auf, als er plötzlich seine Absichten klar machte. Er erklärte, dass er den Vorschlag, Caesar zum Konsul zu ernennen, solange er noch das Kommando über seine Armee habe, nicht in Betracht ziehen würde. Seine Vorschläge für ein Kompromissdatum für Caesars Rückruf waren für Caesar inakzeptabel, dessen einzige Ressource nun darin bestand, den in Gallien angesammelten Reichtum zu nutzen, um Männer zu kaufen, die seine Feinde im Senat behindern könnten. Als der Krieg kam, war der Senat gleichmäßig zwischen Cäsar und Pompeius aufgeteilt. Die Konsulare waren fest für Pompeius, obwohl sie ihn einfach als das kleinere Übel betrachteten. Ende 50 besuchte der Konsul Gaius Marcellus Pompeius mit den designierten Konsuln und legte ein Schwert in seine Hände, ohne den Senat zu veranlassen, Cäsar zum Staatsfeind zu erklären. Pompeius nahm ihre Einladung an, eine Armee aufzubauen und den Staat zu verteidigen. Caesar bot weiterhin Kompromisslösungen an, während er sich auf den Streik vorbereitete. Am 7. Januar 49 verfügte der Senat schließlich einen Kriegszustand. Vier Tage später überquerte Caesar den Rubikon.
Pompeius strategischer Plan war es, Rom und Italien Caesar zu überlassen und sich auf sein Kommando über das Meer und die Ressourcen des Ostens zu verlassen, um die Caesarians in Italien zu verhungern, aber er hatte nicht die disziplinierte Loyalität und uneingeschränkte Zusammenarbeit seiner optimalen Verbündeten, und Caesars schneller Vormarsch nach Süden konnte seinen Rückzug aus Italien nur knapp verhindern. Auf der anderen Seite der Adria in Dyrrhachium (heute Durrës, Albanien) wurde die Weisheit von Pompeys Strategie deutlich. Caesar wurde nach einer gefährlichen Überquerung auf dem Seeweg von seiner Basis in Italien abgeschnitten und sah sich überlegenen Landstreitkräften gegenüber. Pompeius musste jedoch schließlich seine Seeblockade der übrigen Caesar-Streitkräfte in Brundisium aufgeben und konnte ihre Überfahrt nicht verhindern, um sich Caesar anzuschließen. Caesars Armee wurde bei einem Angriff auf Pompeius Lager in Dyrrhachium zurückgeschlagen, und da Caesar im Westen keine schnelle Entscheidung traf, musste er nach Osten nach Thessalien ziehen. Pompeius folgte und schloss sich dort unter Scipio mit der Armee des Senats zusammen, was Caesars Position unhaltbar machte. Zu diesem Zeitpunkt entschied sich Pompeius unter dem Druck seiner optimalen Verbündeten für den Kampf, eine vernünftige Entscheidung, wenn sein Gegner kein Befehlshaber des Genies gewesen war. Pompeius erlitt eine katastrophale Niederlage in der Ebene von Pharsalus (48). Er floh aus seinem Lager, als der Feind es stürmte und sich auf den Weg zur Küste machte. Seine Anhänger sollten sich versammeln und Caesar noch drei Jahre lang in anstrengende Kämpfe in Afrika, Spanien und im Osten einbeziehen, aber Pompeius lebte nicht, um an diesem Kampf teilzunehmen. Durch Caesars schnelle Verfolgung beeilt, verlor er den Kontakt zu seiner eigenen Flotte. Er zog weiter nach Süden nach Kilikien, Zypern und Ägypten. Er beschloss, in Pelusium zu landen und die Hilfe von Ptolemaios, seinem ehemaligen Klienten, zu suchen. Der König marschierte an die Küste, angeblich um ihn willkommen zu heißen, aber er und seine Berater hatten beschlossen, den siegreichen Cäsar nicht zu beleidigen.Pompeys kleines Geschwader lag vor der Küste, während Pompeius, der sich von seiner Frau Cornelia verabschiedete, einer heimtückischen Einladung nachkam, mit mehreren Gefährten ein kleines Boot zu betreten, das ihn an Land bringen sollte. Als er sich darauf vorbereitete, an Land zu gehen, wurde er verräterisch niedergeschlagen und getötet (28. September 48 v. Chr.).