Lapparente anarchia di forme della cattedrale nasconde una comprensibile pianta di nove cappelle principali. Lalta torre con il tetto a tenda al centro ospita lomonima Chiesa dellIntercessione della Madre di Dio. Le quattro cupole più grandi sono in cima alle quattro cappelle con torri ottagonali: la Chiesa di San Cipriano & Giustina, Chiesa della Santissima Trinità, Chiesa dellicona di San Nicola Taumaturgo e la Chiesa dellentrata del Signore a Gerusalemme. Infine, ci sono quattro cappelle più piccole in mezzo. Ogni cappella è stata consacrata in onore di un evento o di una battaglia nella lotta contro Kazan.
La leggenda vuole che Ivan avesse accecato gli architetti in modo che non potessero mai costruire nulla di simile. Questo è un mito, tuttavia, poiché i documenti mostrano che furono impiegati un quarto di secolo dopo (e quattro anni dopo la morte di Ivan) per aggiungere unulteriore cappella alla struttura.
La Chiesa di San Vasilij il Beata, la cappella nord-orientale al 1 ° piano, contiene la cripta coperta a baldacchino del suo omonimo santo, uno dei più venerati di Mosca. Vasily (Basilio) il Beato era conosciuto come un “santo pazzo”, a volte andava nudo e si umiliava intenzionalmente per la maggior gloria di Dio. Si credeva che fosse un veggente e un creatore di miracoli, e persino Ivan il Terribile lo riveriva e lo temeva. Questa decima cappella, lunica al piano terra, fu aggiunta nel 1588, dopo la morte del santo. Cerca licona che rappresenta lo stesso San Vasilij, con la Piazza Rossa e il Cremlino sullo sfondo.