Teoria germenilor, în medicină, teoria conform căreia anumite boli sunt cauzate de invazia corpului de către microorganisme, organisme prea mici pentru a fi văzute, cu excepția microscopului . Chimistului și microbiologului francez Louis Pasteur, chirurgului englez Joseph Lister și medicului german Robert Koch li se acordă o mare parte din meritul dezvoltării și acceptării teoriei. La mijlocul secolului al XIX-lea Pasteur a arătat că fermentația și putrefacția sunt cauzate de organismele din aer; în anii 1860, Lister a revoluționat practica chirurgicală prin utilizarea acidului carbolic (fenol) pentru a exclude germenii atmosferici și a preveni astfel putrefacția în fracturile compuse ale oaselor; iar în anii 1880 Koch a identificat organismele care provoacă tuberculoză și holeră.
Deși teoria germenilor a fost considerată mult timp dovedită, implicațiile sale depline pentru practica medicală nu au fost imediat evidente; levitele pătate de sânge au fost considerate ținute adecvate pentru sala de operație chiar și la sfârșitul anilor 1870, iar chirurgii au funcționat fără măști sau capace până la sfârșitul anilor 1890.