Trezirea spirituală
Este a doua perioadă a vieții lui Ignatie, în care s-a îndreptat spre o viață sfântă, care este cea mai cunoscută. După tratament la Pamplona, a fost transportat la Loyola în iunie 1521. Acolo starea sa a devenit atât de gravă încât s-a crezut pentru o vreme că va muri. Când a ieșit din pericol, a ales să fie supus unei intervenții chirurgicale dureroase pentru a corecta gafele produse la prima os. Rezultatul a fost o convalescență de mai multe săptămâni, în timpul căreia a citit o viață a lui Hristos și o carte despre viața sfinților, singura lucrare de lectură oferită de castel. De asemenea, el a trecut timpul reamintind povești de vitejie marțială și gândindu-se la o mare doamnă pe care o admira. În primele etape ale acestei lecturi forțate, atenția sa a fost concentrată asupra sfinților. Versiunea vieții sfinților pe care o citea conținea prologuri pentru diferitele vieți ale unui călugăr cistercian care a conceput slujba lui Dumnezeu ca o cavalerie sfântă. Această viziune asupra vieții l-a emoționat și l-a atras profund pe Ignatie. După multe reflecții, el a decis să imite sfintele austerități ale sfinților pentru a face penitență pentru păcatele sale.
În februarie 1522, Ignatie și-a luat rămas bun de la familia sa și a plecat la Montserrat, un loc de pelerinaj din nord-estul Spaniei. A petrecut trei zile mărturisind păcatele întregii sale vieți, și-a atârnat sabia și pumnalul lângă statuia Fecioarei Maria ca simboluri ale ambițiilor sale abandonate și, îmbrăcat în sac, a petrecut noaptea de 24 martie în rugăciune. A doua zi s-a dus la Manresa, un oraș aflat la 48 km (30 de mile) de Barcelona, pentru a trece lunile decisive ale carierei sale, de la 25 martie 1522 până la mijlocul lunii februarie 1523. A trăit ca un cerșetor, a mâncat și a băut cu cumpătare , s-a biciuit și pentru o vreme nici nu s-a pieptănat, nici nu și-a tuns părul și nu și-a tăiat unghiile. Zilnic a participat la Liturghie și a petrecut șapte ore în rugăciune, adesea într-o peșteră de lângă Manresa.
Șederea la Manresa a fost marcată de încercări spirituale, precum și de bucurie și lumină interioară. În timp ce stătea într-o zi pe malul râului Cardoner, „ochii înțelegerii sale au început să se deschidă și, fără să vadă nicio viziune, a înțeles și a știut multe lucruri, precum și lucruri spirituale ca lucruri ale credinței” (Autobiografie, 30) La Manresa, el a schițat elementele fundamentale ale cărții sale „Exercițiile spirituale. Până la încheierea studiilor sale la Paris (1535), a continuat să adauge unele lucruri. Ulterior, au existat doar modificări minore până când Papa Paul al III-lea a aprobat-o în 1548. Exercițiile spirituale este un manual de brațe spirituale care conține un sistem vital și dinamic de spiritualitate. În timpul vieții sale, Ignatie l-a folosit pentru a oferi retrageri spirituale altora, în special adepților săi. Broșura este într-adevăr o adaptare a Evangheliilor pentru astfel de retrageri.
Restul perioadei decisive a fost dedicat unui pelerinaj la Ierusalim. Ignatie a părăsit Barcelona în martie 1523 și, călătorind prin Roma, Veneția și Cipru, a ajuns la Ierusalim pe 4 septembrie. Îi plăcea să se fi stabilit acolo permanent, dar custodii franciscani ai sanctuarelor bisericii latine nu vor asculta acest plan. După ce a vizitat Betania, Muntele Măslinilor, Betleemul, râul Iordan și Muntele ispitei, Ignatie a părăsit Palestina pe 3 octombrie și, trecând prin Cipru și Veneția, a ajuns la Barcelona în martie 1524.