Aparenta anarhie de forme a catedralei ascunde un plan inteligibil de nouă capele principale. Turnul înalt, cu acoperiș de cort din centru, găzduiește Biserica omonimă a Mijlocirii Maicii Domnului. Cele mai mari patru cupole ale primelor patru capele cu turnuri octogonale: Biserica Sfântului Ciprian & Justina, Biserica Sfintei Treimi, Biserica Icoanei Sfântului Nicolae Făcător de Minuni și Biserica al Intrării Domnului în Ierusalim. În cele din urmă, există patru capele mai mici între ele. Fiecare capelă a fost sfințită în cinstea unui eveniment sau a unei bătălii în lupta împotriva Kazanului.
Legenda spune că Ivan i-a orbit pe arhitecți, astfel încât să nu poată construi niciodată ceva comparabil. Cu toate acestea, acesta este un mit, deoarece înregistrările arată că au fost angajați un sfert de secol mai târziu (și patru ani după moartea lui Ivan) pentru a adăuga o capelă suplimentară la structură.
Biserica Sf. Vasiliul Binecuvântată, capela de nord-est de la etajul 1 conține cripta acoperită cu baldachin a sfântului său omonim, una dintre cele mai venerate din Moscova. Vasily (Vasile) Binecuvântatul era cunoscut ca un „prost sfânt”, mergând uneori gol și umilit în mod intenționat pentru gloria mai mare a lui Dumnezeu. Se credea că este un văzător și făcător de minuni și chiar Ivan cel Groaznic se venera și se temea de el. Această a 10-a capelă – singura la nivelul solului – a fost adăugată în 1588, după moartea sfântului. Căutați icoana care îl înfățișează pe însuși Sf. Vasili, cu Piața Roșie și Kremlinul în fundal.