Activism și arest la domiciliu
În iulie 1989, guvernul militar al nou-numitei Uniuni din Myanmar (din 2011, Republica din Uniunea Myanmar) a pus-o pe Suu Kyi în arest la domiciliu în Yangon (Rangoon) și a ținut-o în secret. Militarii s-au oferit să o elibereze dacă ea a fost de acord să părăsească Myanmar, dar a refuzat să facă acest lucru până când țara a fost returnată guvernului civil și deținuții politici au fost eliberați. Liga Națională pentru Democrație (NLD), pe care Suu Kyi o cofondase în 1988, a câștigat peste 80% din locurile parlamentare care au fost contestate în 1990, dar rezultatele acelor alegeri au fost ignorate de guvernul militar (în 2010, guvernul militar a anulat formal rezultatele alegerilor din 1990). Vestea că Suu Kyi primea Premiul Nobel a declanșat o intensă denigrare față de ea de către guvern și, din moment ce era încă reținută, fiul ei, Alexander Aris, a acceptat premiul în locul ei.
Suu Kyi a fost eliberată de arest la domiciliu în iulie 1995, deși au fost restricționate capacitatea ei de a călători în afara Yangon. În anul următor a participat la congresul partidului NLD, dar guvernul militar a continuat să-i hărțuiască atât pe ea, cât și pe partidul ei. În 1998, ea a anunțat formarea unui comitet reprezentativ pe care l-a declarat drept parlamentul legitim al țării. Michael Aris a murit la Londra la începutul anului 1999. Înainte de moartea sa, junta militară i-a refuzat viza pentru a vizita Suu Kyi în Myanmar, iar Suu Kyi, anticipând că nu i se va permite să intre din nou în țară dacă va pleca, a rămas în Myanmar .
Junta l-a pus din nou pe Suu Kyi în arest la domiciliu din septembrie 2000 până în mai 2002, aparent pentru încălcarea restricțiilor prin încercarea de a călători în afara Yangon. În urma ciocnirilor dintre NLD și demonstranții pro-guvernamentali din 2003, guvernul a readus-o în arest la domiciliu. Solicitările pentru eliberare au continuat în întreaga comunitate internațională în fața reînnoirii anuale a pedepsei, iar în 2009 un organism al Organizației Națiunilor Unite a declarat detenția sa ilegală în conformitate cu legea proprie din Myanmar. În 2008, condițiile arestului la domiciliu au fost oarecum slăbite, permițându-i să primească niște reviste, precum și scrisori de la copiii ei, care locuiau amândoi în străinătate.
În mai 2009, cu puțin înainte ca cea mai recentă sentință să fie pentru a fi finalizată, Suu Kyi a fost arestată și acuzată că a încălcat condițiile arestului la domiciliu după ce un intrus (un cetățean american) a intrat în casa ei și a petrecut două nopți acolo. În august a fost condamnată și condamnată la trei ani de închisoare, deși pedeapsa a fost imediat redusă la 18 luni și i s-a permis să o execute în timp ce rămânea în arest la domiciliu. La momentul convingerii sale, credința era larg răspândită atât în Myanmar, cât și în afara acesteia, că această ultimă hotărâre a fost concepută pentru a împiedica Suu Kyi să participe la alegerile parlamentare multipartite (primele din 1990) programate pentru 2010.
suspiciunea a devenit realitate printr-o serie de noi legi electorale adoptate în martie 2010: una a interzis persoanelor să participe la alegeri dacă ar fi fost condamnate pentru o infracțiune (așa cum fusese ea în 2009), iar alta a descalificat pe oricine a fost (sau a fost ) căsătorit cu un cetățean străin pentru a candida la funcție. În sprijinul lui Suu Kyi, NLD a refuzat să se înregistreze în conformitate cu aceste noi legi (așa cum era necesar) și a fost desființat. Partidele guvernamentale s-au confruntat cu puțină opoziție în alegerile din 7 noiembrie 2010 și au câștigat cu ușurință o majoritate covârșitoare a locurilor legislative, pe fondul acuzațiilor pe scară largă de fraudă a alegătorilor. Suu Kyi a fost eliberată din arest la domiciliu la șase zile după alegeri și a jurat să își continue opoziția față de guvernarea militară.