医学的治療にもかかわらず、重度または持続性の副鼻腔炎の症状がある小児のごく一部に対して、手術が考慮される場合があります。 13歳未満の子供では、副鼻腔炎の治療の一環として、医師が鼻の後ろからアデノイド組織4を取り除くようにアドバイスする場合があります。アデノイド組織は副鼻腔を直接ブロックしませんが、アデノイド炎（閉塞を引き起こす可能性のある鼻の後ろの感染症）と呼ばれるアデノイド組織の感染は、副鼻腔炎に似た多くの症状を引き起こす可能性があります-鼻水、鼻づまり、後鼻漏点滴、口臭、咳、および頭痛。
年長の子供や医学的治療がうまくいかなかった子供には、アデノイド切除術または他の外科的選択肢が推奨される場合があります。耳鼻咽喉科の外科医は、子供の副鼻腔の自然な排液経路を開き、狭い通路を広くすることができます。これにより、感染症を培養することもできるため、抗生物質を子供の副鼻腔感染症の原因となる細菌に対して特異的に向けることができます。副鼻腔を開くと、鼻薬がより効果的に分配され、空気が循環し、通常は副鼻腔感染症の数と重症度が軽減されます。