Guerre civile
Pendant ce temps, de lextérieur des murs de Rome, Pompée a observé lanarchie dans la ville devenir chaque jour plus intolérable. Il était prêt à attendre sans sengager jusquà ce que les Optimates trouvent une alliance avec lui inévitable. Il a refusé dautres offres de César dune alliance de mariage. On parlait à Rome dès 54 dune dictature pour Pompée. La violence de rue a rendu impossible la tenue des élections. En janvier 52, Clodius fut tué par des partisans armés de Titus Annius Milo, dont la candidature au consulat était farouchement opposée par Pompée et Clodius. Maintenant, les deux factions ont explosé dans une violence encore plus grande. Le Sénat a été incendié par la foule. En labsence de hauts magistrats en fonction, le Sénat a dû faire appel à Pompée pour rétablir lordre. Cétait lheure quil attendait. Il a rapidement convoqué des troupes dItalie. Les nobles ne voulaient pas de lui comme dictateur; ils pensaient qu’il était plus sûr de le nommer consul unique.
La loi de Pompée de 52 révèle son véritable intérêt pour la réforme et la duplicité de sa conduite envers César. Il a réformé la procédure dans les tribunaux et formé un panel de jurés respectables. Une loi sévère contre la corruption lors des élections a été rétrospective à 70 ans et, malgré toutes les protestations de Pompée, a été à juste titre considérée par les amis de César comme visant lui. Une autre loi utile imposait un intervalle de cinq ans entre le mandat des magistrats à Rome et la prise de commandement provincial. Mais cette loi et une autre, qui interdisait la candidature en labsence, ont effectivement détruit le motif de lattente de César de devenir consul désigné, et donc à labri de poursuites, avant de devoir dissoudre son armée en Gaule. Plusieurs tentatives ont été faites dans les années 51–50 pour rappeler César avant lexpiration de son deuxième mandat en Gaule. Ils étaient frustrés par l’assertivité de la faction et des agents de César à Rome. Pompée, malgré sa peur et sa suspicion croissantes à l’égard des ambitions de César, ne s’est manifesté ouvertement contre César que vers la fin de 51, quand il a soudainement fait part de ses intentions. Il déclara quil ne tiendrait pas compte de la suggestion selon laquelle César devrait devenir consul désigné tout en commandant son armée. Ses propositions pour une date de compromis pour le rappel de César étaient inacceptables pour César, dont la seule ressource était maintenant dutiliser les richesses quil avait accumulées en Gaule pour acheter des hommes qui pouvaient faire obstacle à ses ennemis au Sénat. Quand la guerre éclata, le Sénat était également divisé entre César et Pompée. Les consulaires étaient solidement pour Pompée, bien quils le voyaient simplement comme le moindre mal. Vers la fin de 50, le consul Gaius Marcellus, ne réussissant pas à inciter le Sénat à déclarer César ennemi public, visita Pompée avec les consuls désignés et plaça une épée dans ses mains. Pompée a accepté leur invitation à lever une armée et à défendre lÉtat. César a continué à proposer des solutions de compromis tout en se préparant à frapper. Le 7 janvier 49, le Sénat a finalement décrété létat de guerre. Quatre jours plus tard, César franchit le Rubicon.
Le plan stratégique de Pompée était dabandonner Rome et lItalie à César et de sappuyer sur son commandement de la mer et des ressources de lOrient pour affamer les Césariens en Italie, mais il navait pas la loyauté disciplinée et lentière coopération de ses alliés Optimate, et la rapide avance de César vers le sud na tout simplement pas réussi à empêcher son retrait dItalie. À travers lAdriatique à Dyrrhachium (aujourdhui Durrës, Albanie), la sagesse de la stratégie de Pompée est devenue claire. César, après une traversée dangereuse à sa poursuite, sest retrouvé coupé de sa base en Italie par la mer et face à des forces terrestres supérieures. Pompée, cependant, a finalement dû abandonner son blocus naval du reste des forces de César à Brundisium et na pas réussi à empêcher leur passage pour rejoindre César. L’armée de César a été repoussée lors d’un assaut contre le camp de Pompée à Dyrrhachium et, faute d’une décision rapide en Occident, César a été obligé de se déplacer vers l’est en Thessalie. Pompée a suivi et uni ses forces à l’armée du Sénat sous Scipion, rendant la position de César intenable. À ce stade, Pompée, sous la pression de ses alliés Optimate, se décida pour la bataille, décision assez sensée si son adversaire navait pas été un commandant de génie. Pompée subit une défaite désastreuse dans la plaine du Pharsale (48). Il sest enfui de son camp alors que lennemi le prenait dassaut et se dirigeait vers la côte. Ses partisans devaient se rallier et impliquer César dans des combats acharnés en Afrique, en Espagne et en Orient pendant trois ans de plus, mais Pompée na pas vécu pour jouer un rôle dans cette lutte. Poussé par la poursuite rapide de César, il perdit contact avec sa propre flotte. Il partit vers le sud en Cilicie, à Chypre et en Égypte. Il décida datterrir à Pelusium et de solliciter laide de Ptolémée, son ancien client. Le roi descendit vers la côte, en apparence pour laccueillir, mais lui et ses conseillers avaient choisi de ne pas risquer doffenser le victorieux César.Le petit escadron de Pompée gisait au large tandis que Pompée, faisant ses adieux à sa femme, Cornelia, se conformait à une invitation insidieuse à entrer, avec plusieurs compagnons, dans un petit bateau envoyé pour le ramener à terre. Alors quil sapprêtait à débarquer, il a été abattu et tué par trahison (28 septembre 48 avant notre ère).