L’anarchie apparente des formes de la cathédrale cache un plan compréhensible de neuf chapelles principales. La haute tour au toit de tente au centre abrite léglise homonyme de lintercession de la Mère de Dieu. Les quatre plus grands dômes surmontent quatre chapelles à tours octogonales: léglise des Saints Cyprien & Justina, léglise de la Sainte-Trinité, léglise de licône de Saint-Nicolas le faiseur de miracles et léglise de l’entrée du Seigneur à Jérusalem. Enfin, il y a quatre petites chapelles entre les deux. Chaque chapelle a été consacrée en lhonneur dun événement ou dune bataille dans la lutte contre Kazan.
La légende veut quIvan ait aveuglé les architectes afin quils ne puissent jamais rien construire de comparable. Cest un mythe, cependant, car les archives montrent quils ont été employés un quart de siècle plus tard (et quatre ans après la mort dIvan) pour ajouter une chapelle supplémentaire à la structure.
Léglise de St Vasily le Bienheureuse, la chapelle nord-est du 1er étage contient la crypte couverte de canopée de son saint homonyme, lune des plus vénérées de Moscou. Vasily (Basile) le Bienheureux était connu comme un « saint fou », allant parfois nu et shumiliant délibérément pour la plus grande gloire de Dieu. On croyait quil était un voyant et un faiseur de miracles, et même Ivan le Terrible le vénéra et le craignait. Cette 10e chapelle – la seule au rez-de-chaussée – a été ajoutée en 1588, après la mort du saint. Recherchez licône représentant saint Vassili lui-même, avec la Place Rouge et le Kremlin en arrière-plan.